这些对于Eli的质疑也随着Giants一起进入了季后赛。11胜5负的战绩让他们登上了NFC East的冠军,但是他们看起来却缺乏自信,卡罗莱纳Panthers在Giants体育馆的死忠面前以23-0羞辱了他们。Eli在下半场就贡献了三次被断,这场失利也是季后赛25年里主场球队首次被零封。
而当2006赛季开始的时候,球迷们则更愿意原谅和忘记过去的不快。纽约的揭幕战占满了NFL的头条,因为Giants将主场迎战Colts。这场比赛也被视为Manning的家族内战。Eli打得很不错,但是Peyton带走了胜利。很快Eli就将那场失利泡在了脑后,在接下来一周对阵Eagles的时候来了一次完美的反弹。新人Plaxico Burress很快就成为了Eli最喜欢的传球对象,Giants也在赛季前半段取得了6胜2负的优异战绩。
然而,随后的伤病削减了球队的战斗力,球队成绩也开始下滑。左截锋Luke Pettigout腿骨骨折告别了比赛,这也让Eli暴漏在盲区的冲截中。然而在Giants需要高质量传球的时候,他看起来提心吊胆而不采用口袋战术。纽约很快就分崩离析。
纽约球迷们感觉到现在是Eli掌控俱乐部的时候了。当他还没有这么做的时候,Barber,Shockey和每个队员都开始质疑他的领导力。而与此同时,Coughlin也处在离队的边缘。而拯救球队的球员则是Barber。在球队常规赛最后一场比赛里,他在战胜Redskin的比赛里豪揽234码和三次触地得分。得益于古怪的赛制,8胜8负的Giants得以跻身季后赛。