因为设立了 khara，庵野决定刚离开 GAINAX，当时山贺希望还保有彼此的联系，请庵野即使不做董事也以社员的身份挂名在社内，庵野起初也同意了。但在2007年的时候也作为普通社员离职，将自己的名字从 GAINAX 的名单中除去。而庵野决定在 GAINAX 之外的地方制作《福音战士》，当时也得到了“EVA 是庵野的作品”的承认，明确了原作者、商品分配收益的内容，当时将版权管理与商品化窗口留在 GAINAX 也是出于自己人手不足，GAINAX 也有足够的对应体系，这是双赢的结果。在此之后，khara 自家出资制作、配给《福音战士新剧场版》，第2作正在制作中的2008年，公司间的关系发生了变化，GAINAX 社内的对应方针发生了改变，从 GAINAX 那儿获得《EVA》相关收入的金额减少，这也并不是因为总收入减少，当时的相关资金也持续通过资金窗口流入（到 GAINAX）。从2012年开始，GAINAX 拖延需要支付给 khara 的版权费用，在商谈过程中提到分期付款，这是因为 GAINAX 的经营正在持续恶化着，时任社长的山贺与董事武田康广也同意了这个提案。而这个版权费用，仅仅是包括《EVA》的相关版权，担任监督的《飞跃巅峰！》《蓝宝石之谜》不包括在内。在其他公司制作的真人电影《LOVE&POP》的权益，现在也分配给了 GAINAX。到了2014年，庵野还被 GAINAX 拜托参与融资。
在欠款巨大的情况下，武田向庵野请求借金1亿日元，如果没有 GAINAX“只好倒闭”，在此之下，庵野急忙筹得了1亿日元，而庵野也对把《EVA》的权益寄放在这样的公司而感到危险，提出了提前将相关权益转让的条件。这本来也是庵野他们计划好的事情，一直没有返回是因为 GAINAX 方面对此的拜托。在这条件之外，还有如果按照计划返还，则按无利息，无担保的方式提供融资。这样的事情，会让人惊讶于对方的经营层是怎么样的人，但因为是学生时代的朋友，又同为动画业界的一员，抱着给困难的伙伴支援、对长久以来工作的前公司的返恩的心情，庵野才愿意向 GAINAX 提供贷款。同时，在2014年的时候也向 GAINAX 方面提出购买与 khara 主力成员相关的《飞跃巅峰！》《飞跃巅峰2！》《FLCL》原作权，这是因为考虑到当时 GAINAX 难以制作新作，想多考虑作品的未来，最早山贺欣然答应，也推进了这件事情，具体的方案也逐渐确定，但是某日 GAINAX 突然提出 khara 需要支付当时谈好的价格的6倍数额的金钱，才能购买到这些作品的原作权，并且也没有说明原因。在他们感到困惑的时候，2015年3部作品的相关权益被卖给了另外出价更高的公司，在那一年的5月银行介入了 GAINAX，进行了大规模的人员调整，他们需要金钱，于是将作品卖给了出价更高者。而与庵野无关的作品，在2014年也被转卖了。这样贩卖作品的权益，庵野觉得有必要认清 GAINAX 的经营现状，多次向 GAINAX 提出说明状况的请求，但等来的是暂缓支付、需要经营支援、以及“经营上没有问题，会按计划支付借款”。
在2015年11月，“福岛GAINAX”（现GAINA）在他们不知道的情况下设立了。起初福岛 GAINAX 是 GAINAX 的完全子公司，但不知道什么时候股份全转给了浅尾芳宣，资本关系解除，虽然与《EVA》无关，但是他们有时候会做出让周围人觉得“《EVA》与他们有关”的行为。而后 GAINAX 出现问题，福岛 GAINAX （当时）也提到两者无关、是独立运营的公司，庵野不禁疑惑：那为什么不把名号更换了呢？而现在倒确实因为被收购，更换成了 GAINA。在2016年4月，GAINAX 突然没有继续还款，庵野想要对方说明情况，打电话、发邮件给山贺，但是没有得到回应。而且那一会，日本各地的冠有“GAINAX”名号的公司正在增加：2014年5月，“米子GAINAX”在鸟取县设立；2016年4月，“株式会社GAINAX WEST”在兵库县设立；2016年7月，“株式会社GAINAX新潟”在新潟县设立。