北京交通发展研究基地是我校最早成立的省部级哲学社会科学研究基地。基地自2005年成立以来已连续三个建设周期被评为优秀研究基地，因此获得免检资格。2012年开始申报教育部重点研究基地。

2013年与国家发改委综合运输研究所合作建设“综合交通运输发展研究中心”，共同申请建设综合交通领域教育部人文社会科学重点研究基地，共同努力将“综合交通运输发展研究中心”建设成为国家智库。

轨道交通基础数据与知识服务平台自2007年教育部立项建设以来，已得到连续三期的经费支持，以期建成一个权威、全面的轨道交通国家级基础条件平台。2009年，由教育部向国家平台中心重点推荐申报国家级平台。

以生命科学与生物技术实验室为依托，建立了基因工程和细胞与蛋白质工程两个研究所及超微结构分析测试中心等研究机构。形成了比较先进的现代生物学研究平台。进一步加快生物学科的建设步伐，实现生物学科“做大做强”的发展目标，坚持人才优先战略，尽最大努力和诚意引进高层次领军人才；要加大与国内外同行开展学术交流的力度，扩大我校生物学科的影响力；要力争主持高水平课题，实现省部级科研奖励零的突破，获得生物学一级博士学位授权点。

北京交通大学“211工程”三期重点学科建设项目
1 交通信息及控制应用基础与关键技术
2 高速、重载铁路与城市轨道工程建设关键技术
3 复杂条件下桥梁、隧道与地下工程关键技术
4 现代车辆动力与结构基础理论及关键技术
5 综合交通系统复杂性理论与运营管理关键技术
6 运输经济与综合物流基础理论与政策
7 风力发电及动力电池能量高效变换技术
8 信息安全光路交换网与光波技术应用
9 未来信息网络体系及关键技术
10 智能信息处理与计算智能
11 发光与光信息技术
这是学校十几年前的布局，有些成了，有些没成。。。

2018年积极推动新的协同创新中心、国家重点实验室筹建，积极推进国家技术创新中心的联合筹备工作。

2019年折子工程：贯彻军民融合国家战略，做好高速飞行列车联合实验室建设。

2019年折子工程：继续推动“两个中心”建设，在符合国家有关政策的框架下与相关部门积极沟通，推进“两个中心”选址及相关批复工作。---安评中心已落实，就差国教中心了，今年务必趁势拿下。