玩家们起初并非是以英雄身份出现，而是以英雄的儿女形象亮相。游戏的前半部分，玩家要不断提高声望，聚拢支持者以反抗并推翻暴君的统治。游戏结构细节上，《神鬼寓言3》允许玩家决定国民的命运乃至生死，所有裁决将由玩家来做出。