黎明鲎超目
黎明鲎目，亿年的小透明，在奥陶纪就与板足鲎分化出来体型从5厘米到16厘米，一般生活在1500米水深到500米水深的深海，全目只有一科，灭绝于1亿年新生代结束，与板足鲎的区别是拥有更强大的神经系统和呼吸系统，腹部有大量肌肉用于游泳

斯氏鲎超目
斯氏鲎目
出现于2000万后由黎明鲎目演化而来，离开了深海，在第四纪大灭绝后在印度洋富饶的浅海割据，全目有三个科
印尼鲎科
出现于2000万年后的孟加拉湾，是全目最原始的科，出现了五百万年后就被斯氏鲎科取代了
斯氏鲎科
在2400万年后由印尼鲎演化而来，在刚出现时进行了大型化，最大的是武装械螯鲎，最大体长可达7米，但是这种繁盛并没有长久，只持续了500万年，大型的斯氏鲎在4000万年后一次大规模降温事件中灭绝了，在重新升温后，斯氏鲎科没有抢到它们大型化的生态位，逐渐式微，于1亿年后灭绝
琉璃鲎科
出现于2300万年后，大部分体型较小，在75厘米以下，很多成员雄性体色艳丽，有金属光泽，主要分布于中国南海，和中国南方以及东南亚的淡水河流湖泊和溪流中，多数种类为食腐动物，值得注意的是，它们在较为封闭的湖泊的种类和多样性很丰富，可以形成一种畸形的食物链，类似非洲三湖中的慈鲷，从初级消费者到顶级捕食者都是琉璃鲎科，这个科所有的体长超过50厘米的都是通过这种方式出现的，这个科的部分成员在1亿年后挺过了大灭绝，在几个内陆湖泊里以刚才提到的食物链又生活了2000万年，最后，湖泊全部干涸，琉璃鲎科灭绝

斯氏鲎超目
叠鳃目
出现于3000万年后，由一种体型偏小的浅海型斯氏鲎演而来，是整个异鳃亚纲中存活时间最长的，有4个亚目：盾鳞鲎亚目，冥神鲎亚目，骇鲎亚目，阿尔维蒂鲎亚目

盾鳞鲎亚目
出现于3000万年后，外形和斯氏鲎差别不大，但是它演化出了类似软骨鱼一样的细小盾鳞，它们分为了两支，一支来到了远洋，演化为了骇鲎亚目和阿尔维蒂亚目，一支留在了浅海，演化为了冥神鲎亚目，于1亿年后灭绝

冥神鲎亚目
出现于3200万年后，活跃于南太平洋和印度洋浅海，最大的特点是除了基干类群外，所有的种类都有夸张的头阔，雄性的头阔通常比雌性的要大，被用于争夺食物和配偶，一共有6科
厚头鲎科
最基干的一个科，有不明显的头扩，这种头扩比较坚硬，是用于保护自己用的，灭绝于1亿年后

杯眼鲎科
出现于4000万年后，复眼发达，并像鼓甲一样把复眼变成了上下两部分，防止下方的掠食者偷袭，和大部分冥神鲎亚目不同的是它生活于深海，灭绝于1.2亿年后的海水缺氧事件，极限体长：1.1米

冥神鲎超科
出现于4500万年后，它们的头扩普遍拥有夸张的延伸，在头扩后面把一对棘刺演化为了第二对头扩，它们之间的一些物种的极限体型可以长到很大，但是平均体型远小于极限体型
副冥神鲎科
冥神鲎科的基干，没有明显的棘刺，但是第一对头扩上的那对棘刺已经出现，灭绝于5000万年后

冥神鲎科，出现于4600万年后，在副冥神鲎的基础上延长了两对头扩，这个科并没有在一开始抢到先机，只好缩小体型，在一亿年后，它们抓住了机会，开始了大型化，割据了南太平洋和印度洋的浅海，并进入了东南亚的淡水，它们在淡水的生态位并不成功，只能选择类似小型鳌虾的生态位，它们的大型物种把尾部进行了一个延伸，形成了一个结构，这个结构可以左右摆动，攻击或击晕大型猎物，1.8亿年后，冥神鲎分布的部分地区发生了一些小的火山运动，清除了一些明神鲎的物种，与此同时，虎鲨演化而来的礁鲨科以及犁头鳐科的一些成员开始大型化并抢占冥神鲎科的生态位，冥神鲎不得不也开始大型化，整个异鳃亚纲的最大物种在这时诞生了，极限体长12.86米的残暴冥神鲎，不过这些巨型的物种平均体型远小于极限体型，2.4亿年后，全球发生大规模火山运动并引发海水酸化等连锁反应冥神鲎科灭绝

异棘鲎科
出现于4600万年后，它们把第二对头扩延长至了尾部，但是第二对头扩因此变得脆弱，失去了原来的作用，变为了纯粹的装饰品，它们迅速抢占东南亚一带浅海顶级掠食者的生态位，并取得了很大的成功，并在最后演化出了极限体长9.61米的惊异君王鲎，于1亿年后灭绝

丽棘鲎科
出现于5000万年后，它们的生态位类似于一些肉食的三叶虫和十足目，它们缩短了步足，须肢和螯肢，并使身体变的宽扁，有三个亚科
丽棘鲎亚科
它们依然保持着冥神鲎超科棘刺和尾部结构，同时也有丽棘鲎科的特征，它们的棘刺是整个冥神鲎亚目最特化的，和部分十分特化的泥盆纪的三叶虫相似，最大种类不超过50厘米，灭绝于2.4亿年后
棱体鲎亚科
它们出现于9000万年后，它们愈合了几节腹部，只剩下了4节，它们退化了第二对头扩，并把第一对头扩演化成了笠头螈的样子，并退化了尾部，只剩下尾剑，灭绝于2.4亿年后

骇鲎亚目
这是一类大型的远洋叠鳃鲎，出现于5000万年后它们的腹部的运动神经与肌肉组织都比其他类群要更为发达，并特化出类似鲨鱼盾鳞的结构，它们分布广泛，它们大多都具有洄游习性，幼体生活于河流与湖泊，成体进入海洋，也有终生生活于湖泊的成员，最大成员为太平洋大眼骇鲎，极限体长6.7米，灭绝于1.8亿年后的缺氧事件

骇鲎科
骇鲎亚目仅有一科
共有3个亚科
骇鲎亚科
这是它们之中最基干的类群，拥有上述的洄游习性，某些种类有纯淡水的种群，该类群体长在80厘米到4米之间，灭绝于1亿年后复眼位于身体的两侧和前方
大眼骇鲎亚科
出现于7000万年后，习性和骇鲎亚科类似，但在成体后白天在暮色带，到了夜晚会来到海面，通常会捕食较大的鱿鱼，，复眼位于身体前方，腹部有一些纤毛，可以感受到下方的危险，灭绝于1.8亿年后
阿拉伯鲎亚科
这是因为地质原因被困在某些在未来出现于阿拉伯地区的大型咸水湖泊的类群，出现于6000万年后，在7000万年后由于该湖泊的消失而灭绝，习性和骇鲎类似

阿尔维蒂亚目
这是一种接近骇鲎样貌，出现于4500万年后，由厚头鲎科演化而来的叠鳃鲎
它们是整个异鳃亚纲存活时间最长的类群之一，存活至3亿年后
有两个超科
扁体鲎超科
出现于4500万年后，拥有类似鳌虾的生态位，最大体型65厘米，岩体鲎
其中岩体鲎在内的部分物种会拟态为礁石
灭绝于3亿年后
凯旋鲎超科
出现于4500万年后，为远洋类群，最大体型7米物种为帚棘凯旋鲎
该类群外观类似于加长版厚头鲎科，腹部有大量的游泳肌肉
灭绝于1.6亿年后的缺氧事件