随后主角团得知获得三个徽章即可转到自己想要的班级,且一学期最多只能集三个――第一学期有接力跑酷、远足、期末考试三次机会。所以ソーマ必须赶在这学期结束前——也就是举办舞会前不漏过一个勋章地收集完毕,然后转入钻石班,参加舞会。
第一个勋章的收集条件是赢得接力跑酷,或者说障碍物竞走。最后翼马班确实比赢了,アリアンナ在最后甚至直接不跑,改成飞到终点了。ソーマ这才发现アリアンナ的钻石不是装饰,是真的她自己的意志。
这时的美杜莎我猜想应该和宵暗联盟一样,知道有贤者之石存在,并且知道他的作用,但除此之外的详细情报就一概不知了。
于是ゲゼルマン和ルビイ这时也到学院去侦察情报了。
在某次定时联络中,小卡罗通知ソーマ,告诉他ゲゼルマン进入学院当了老师,并且他手中定然有贤者之石的相关情报。让ソーマ盯着点,顺便偷偷他的情报和研究成果,或者视情况抹杀他。
为此ソーマ需要加入科学部接近ゲゼルマン,不过ゲゼルマン推迟了行程,科学部的入部参观排在了最后。
另外,ソーマ从小卡罗那里收到了贤者之石的碎片,这个碎片可以感知贤者之石,ソーマ在参观社团时拿着它到处往各种石头上蹭,不过偏偏没往アストゥリオス的“雕像”上蹭蹭,自然地,哪里的石头都没有反应。
9月25日,ソーマ陪アリアンナ体验社团,发现アリアンナ怕蛇,不过她在被メア锻炼几天之后就又不怕了。
然后最后去参观科学部的时候,碎片突然有反应了,因为科学部连通的地下室正好在雕像正下方。
这时メア出现,一碰到ゲゼルマン立刻当场昏倒,不过ソーマ也没太在意。
后来ゲゼルマン找到了メア,又把她拉回到自己身边,成为了为美杜莎工作的间谍。メア在扫描雕像时发现这就是被石化的アストゥリオス本人,报告给了ゲゼルマン,美杜莎由此推测出了这就是贤者之石。
不过ソーマ抽签没抽中,没能进科学部。
随后ソーマ潜入科学部教室,发现了地下室,不过因为防卫用的是供给整个学院用电的大电核,所以进不去。ソーマ于是认为贤者之石就藏在这之后。
然后出来的时候差点被一个叫ネスター的弗里吉亚中士发现,不过被ルビイ帮了一下逃出来了。此时的ルビイ认为ソーマ的最终目的还是为了消灭吸血鬼,所以某种程度上两个人还能说得来。
随后获得勋章的第二次机会――远足,惯例在11月下旬举行,但因为安全问题取消了。
然后弗里吉亚王国军向学院通知,说他们发现了所谓的石噬的元凶——叫做バシリスク的大蛇。虽然这个情报是错的,但王国军还是向学院的学生们请求了支援,并想出了一个叫眼睛蛇计划(定于12月24日)的东西去讨伐这玩意。并且王国军认为美杜莎是特洛伊人的结社。
主角团全员都决定参与,当然ソーマ只是表面上答应而已,因为远足取消,ソーマ直接转而执行B计划,即在舞会之夜直接夺取贤者之石。期末考试12月17日开始,为期三天。舞会于12月22日举行。
组织的另一成员リブラ魅惑了钻石班的学生チートル并成为其“恋人”,将在舞会之夜被邀请进舞会,并用其停止的意志停下大电核,让主人公去偷贤者之石。
结果那人没把电核停下来,美杜莎通过ゲゼルマン得知弗里吉亚的眼镜蛇计划后决定在舞会之夜对学院实施报复性打击。然后ルビイ和メイナート带着一条バシリスク蛇就来了。ルビイ也说这是给ソーマ的一次“机会”,不过ソーマ为了保护アリアンナ还是没去地下室,自己用魔眼烧死了大蛇。
后来ギメル出场,石化并杀死了シャーロット老师,打碎了ヴェオ的意志,石化了学院近3成的面积。
最后发出宣战布告:
一、これより行うは闘争である
二、この闘争に打ち克った者がノヴァ大陸の覇を掌握する
三、どちらかが滅ぶまでこの戦いは終わらない。その意味をおまえ達はいずれ知る
ソーマ虽然暴露了间谍身份,遭到了盘问,不过自己的种族以及出身依然还是保密(被弗里吉亚方面误认为是特洛伊间谍)。レイ给了ソーマ期末考试综合第二的勋章,然后ソーマ用两枚勋章抵消了伪造身份和伪造宝石入学的惩罚。
后来マークス又把ヴェオ的意志骂回来了。
ソーマ发现地下室内没有贤者之石。
接着不知为何从ソーマ开始,翼马班的人围观着ベルカ挥剑慢慢地又聚集起来了。1617年12月29日左右,翼马班重整旗鼓。
1618年1月1日,ゲゼルマン离开了学院。
1月2日,主角团请求上前线,1月3日被认可。
随后主角团为了找到美杜莎的据点去古战场侦察了一次,メア在这里修了修设施。
1月8日,第二学期开始。
主角团又去特洛伊南部侦察了一次,还在那里碰到了メイナート,最后ソーマ用了一发小卡罗给的银子弹才让大家脱身。