一，种子与阿赖耶识自体分，是两回事。如墙上各种各样的花纹与墙体。
种子是现行法的种子依，阿赖耶识自体分是现行法的根本依。
根本依缘在中观四缘上，属于增上缘的范畴。
二，说现行法源于阿赖耶识，只是含糊不清的大致说法。
说现行法是种子因缘的果法，才是对的。
种子不是阿赖耶识自体分，（既使心识的）种子也没有觉知，种子也不能持种。
三，阿赖耶识自体分摄种子与根身为自体。所以，种子逢缘现行为根身器界时，阿赖耶识自己是以为是它自己生出万法的，六识无慧时看到这个情况也会这样认为。
四，阿赖耶识只摄藏杂染种。
清净种，如混水入乳般，与阿赖耶识相依而存。间接依阿赖耶识而存而转的。
五，渐教中，六识突破自己的我法二执无明，先成无漏，然后六识扭转七识成平等性智。
当七识在八地时彻底没有我执现行了，它映投在六识身上的俱生执的内容也就没有了。
所以，六七二净识，是互促互进，一块儿次第进步的。
然后它们再一块儿合力扭转阿赖耶识的。
第八识彻底扭转后，第八识才能自由自在当家做主的不再受熏，并且断尽一切有漏种子，成为具有一切智智（大圆镜智）的无垢识。
无垢识可以自由的作意于它所摄藏的种种无漏诸法种子，能够使种子警动而逢缘现行，成为彻底纯无漏的前七识与根身器界。此时，四大根身才彻底转变。
六，摄根身为自体的是阿赖耶识，七识也自然接受了阿赖耶识的这个认识。这是俱生身见。
俱生身见与俱生“我”见，不是一回事。
俱生常我见，纯是末那识自己的无明造成的。
七，等无间缘，是只有心法现行时才有的缘。色法现行不需要这个缘。
各识的等无间缘，是各识自己的前念现行，望后念现行，在腾出现行的位置上而言的。
比如眼识，它的等无间缘，是前念刹那现行的眼识，而不是其它识。
八，根身器界与前七识，不论是杂染有漏的还是清净无漏的，都是由相应染净的第八识中相应的染净种子逢缘的现行。
就是无垢识，也是由净第八识种子的逢缘现行。
九，唯识学上说的阿赖耶识，只是杂染生灭法。
唯识学上的阿赖耶识，它只摄藏杂染法的种子。
清净种间接依阿赖耶识而存，如染色于墙、混水入乳，和合似一的相依而存。
无垢识只摄藏无漏诸法种子。
十，阿赖耶识是前七识的根本依缘，其中，阿赖耶识与末那识又是互为根缘（具有依）。
七识的无明执障引生了阿赖耶识这个妄念。
十一，八个染识中，阿赖耶识，同时意识，五识，它们对它们的相分的认识是世俗现量，是变而不异的。
后得智对万法真相的认识也是变而不异的，但这个比世俗现量又高一层次了。
这一点，可以用六识自体分的世俗现量与净六识的后得智的认识来比较。后得智认识的是如梦如幻的宛然法象。
独头意识的认识，通现、比、非三量。
染七识的认识，全只是非量。
根本智对空性的认识，是胜义胜义，是不变不异的。它证悟空性时，并无有一个证悟空性的真心。无能无所。
万法皆无，只是一个无住觉性。
十二，“一切种，在成唯识论，名为此识因相，亦通一切位，在佛位可名一切无漏法种子识。”
“由根本智起后得时，依内证法及教法之力，地地修证增进此根本智，至成佛时破漏、无漏种和合共依之无覆无记一类相续异熟心相，显现清净法身──真如及庵摩罗识一切无漏种──圆成四智菩提，曰智净相。”
第八识，不论是凡夫的阿赖耶识，还是菩萨的异熟识，还是佛的无漏识，都是一切种子识，都是与相应性质的种子相依的。
阿赖耶识摄藏一切杂染种，与清净种相依。
异熟识也是与有漏、无漏种和合共依的第八识。
无垢识摄藏一切无漏种子。
如果认为无垢识不再依赖无漏种子而能够自己现行诸法，就违反缘起义而成外道见了。
十三，阿赖耶识无覆无记。
无覆是指阿赖耶识没有计执，不会防碍证空性。阿赖耶识摄根身为自身，只是应业力而为，待一期业报结束，它自然不会再摄持根身为自体了。阿赖耶识既然摄持根身为自体，它只有世俗现量，没有胜义智慧，不知种子根身皆本来空寂，所以它跳不出去，也就与根身安危与共了，同尝根身种种苦乐。
无记，是说阿赖耶识对种子没有区分善恶的能力，不知道有漏种子是需要断尽的，（无垢识就不是这样的了）它只是一味摄持一切杂染种。
阿赖耶识的无记，只是指它不分辨种子的善恶，这与它摄持根身为自体是两件事情。
另外，因为种子不是识，所以种子也不是无记的。种子只是种子，是某种功能差别。
把阿赖耶识自体分与种子混为一谈，是严重的错误。
十四，阿赖耶是藏义。
藏义有三：
能藏，是指能含藏杂染种子。
所藏，又有二义：种子是阿赖耶识的所藏；阿赖耶识自身也被现行的前七识、根身器界所藏而不见。阿赖耶识“于身摄受藏隐，同安危义”这一句也就是这个意思。
我爱执藏，被染七识执其见分为真我而贪执不舍不放。
十五，阿赖耶识，只能见到根身器界种子。这是它的相分。
无垢识，是自由的识，没有任何无明了，也能分辨种子的有漏无漏了，能自主当家不再受前七识熏习了，它的认识对象的阵营也应该扩大了。

第八识的地盘如一个国土，阿赖耶识，异熟识，无垢识，等于是次第在这个国土上建立起来的国家与政权。
清净种等于是潜伏在阿赖耶识这个政权之外的地下党，它潜伏在阿赖耶识统治的第八识国土地盘内，游于阿赖耶识这个朝廷政权机构的外围，伺机而动，准备推翻阿赖耶识这个政权机构。
最后，它也成功了。它把阿赖耶识这个朝廷政权所有的机构（一切有漏种）都推翻了，把这个国家朝廷的国王（阿赖耶识自体分）也推翻了。
然后，无垢识作为新的国王，在第八识地盘这个国土上，建立起来了新的一套朝廷政权机构组织（一切无漏种）。
这个国土中的人民与资源（喻前七识与根身器界）都焕然一新，与新的国王与朝廷一样，都成为了新的国家身份属性的人民与资源。

问：阿赖耶识，前无所始，后无所终，它是不是宇宙的本体？
答：不是，是众生心识中最富有变似功能力的一种识体，这识体亦为一切众生无始以来的无明业感的生灭法。

阿赖耶识，是如来藏随染缘而成的一个妄念。
法藏大师语。
清净如来藏，世间阿赖耶。如金与指环。
阿赖耶识，只是如来藏这个金子随缘成的一个环相。
环相，随缘而刹那生灭不息。

在唯识学上，阿赖耶识只是杂染识。
在起信论中，阿赖耶识这个名言的涵义就与唯识学上的阿赖耶识的涵义不同了，它是指真妄和合的。

杂染阿赖耶识，只摄藏一切杂染种子。
清净种间接寄于阿赖耶识。如以水混乳。相依同处而转，如水乳和合似一，其实非一。
无垢识摄藏一切无漏种。
阿赖耶识与杂染种的关系，如梅花鹿与它身上的各个斑点。杂染种是杂染现行法熏刻在阿赖耶识自体分上的印迹。
阿赖耶识与清净种的关系，如梅花鹿与它身上染上了的一层亮色，和合似一，其实非一。
摄大乘论：清净种非阿赖耶识，与阿赖耶识相违，非阿赖耶识所摄，是对治阿赖耶识的极清净现行法之种性。

种子，初看，来于阿赖耶识体上。种子现行为万法，也让人会误以为是阿赖耶识生出了万法。
但再往前看，阿赖耶识体上的种子又来源于曾现行的诸法。
阿赖耶识只是一个仓库，是保管与贮藏种子的地方。
现行法在它身上熏刻下种子，与种子逢缘现行，它都管不了，不当家。它只是了知它们，管理、持藏它们。
所以，万法现行，种子是因缘，作为保管种子的仓库的阿赖耶识只是增上缘。

阿赖耶识摄持种子是自体，所以它自己自然是认为万法是它生的。
这是它的无明。
它并不能如实知道，种子是种种现行法留在它身上的印迹。
留下印迹与种子逢缘现行，这些事都不是它能管的。
它不当家。
这也就是它的无明的表现。

根本依缘，属于中观四缘中的增上缘中的一种。

佛法是法界缘起论。
不可以把阿赖耶识认为是万法的本源、第一因。
它只是一个功能很好的仓库型的中间环节。
万法缘起，无始无终，无边无中，毕竟空而统一切有，空幻一如，性相不二，法法皆一真法界，无碍圆融。

个人认识，仅供参考。

阿赖耶识摄持一切杂染种为自体。
阿赖耶识这样做，很好理解。因为杂染种是杂染现行法直接熏刻在阿赖耶识自体分上的。
这些种种杂染种，其实就是阿赖耶识自体上具有的内容，就好像梅花鹿身上的斑点本身就属于梅花鹿身体的一部分一样。
所以，阿赖耶识自体，自然而必然，就把种子摄持为自身之内容的。
在这个意义上，一切种逢缘现行为诸法，说成阿赖耶识（或一切种识）缘起诸法，也是对的。
而且，阿赖耶识自己也是这样认为的。下品平等性智不再执阿赖耶识见分是真心之后，它看到的也是阿赖耶识缘起万法，也会认为是这样的。
当然，阿赖耶识与下品平等性智的这个认识都是有无明的成分的。
因为，如果精准定位，从各各法的自类亲种子逢缘现行而为诸法上说，比阿赖耶识自体分缘起的说法更准确。毕竟，种子与阿赖耶识自体分，它们之间并不完全相互等于，只是梅花鹿身上斑点与梅花鹿的关系，部分内容属性与整体的关系。
为什么说种子逢缘现行更正确呢？
因为，种子虽然是阿赖耶识自体上的一部分，属于阿赖耶识的属性，但是，种子并不是阿赖耶识自己产生的，而是杂染现行法熏刻在阿赖耶识体上的。对于现行法在它身上的熏刻下种子印迹，与种子的逢缘现行，阿赖耶识都是管不了的，它不能当家做主，只能被动的自发的承受种子与种子应缘现行。
实际来说，它只是很好的保管种子的管理员与仓库，它只是一个万法缘起的摄藏种子作用的根本依缘的一种中转环节。
所以，在旁观识与它自身来看，万法就是它应缘而起的，但实际上它目前的状态的性质只是保管员与仓库。
因为，万法的缘起，实际上是无始无终无边无中的。种子虽然来于阿赖耶识自体，但并不是阿赖耶识自己产生的，而是曾有的现行法熏留在阿赖耶识上的。这个因缘过程，前前追溯而无始。但在这个无始的过程中，阿赖耶识始终只是起着相当于仓库与仓库保管员的性质的。
所以，从更正确的意义上说，从最大范畴的总体的意义上说，万法缘起，是四缘法界缘起，而不只是阿赖耶识缘起。
如果从阿赖耶识的角度上说，阿赖耶识缘起是对的，因为万法就是它自身的一部分差别功能属性内容的应缘现行。所以在这个角度上说，讲阿赖耶识缘起也是对的。
如果接着一步突破阿赖耶识的范畴，认识到阿赖耶识体上的各各种子是曾有的现行法熏留下的，那么，眼光就会上升到法界四缘总体而缘起的层次。这样，对于万法缘起的道理的认识，才最完善、最圆满。因为在法界四缘缘起义里面，法界一切法所起的作用，包括了在法界中的阿赖耶识对种子摄为自体而无间不断持藏的根本依缘的作用，都说到了，都包括了。
而且对于法界缘起来说，还不仅只是包括了阿赖耶识缘起的内容，它还包括了通常说的无明十二支缘起、六大或七大缘起、空性缘起、如来藏缘起、真如缘起、正智缘起、根起、境起等等种种缘起义代表的内容的。
所以，虚师说法界缘起义是最周圆的、最圆满的，也说阿赖耶识缘起是最深层的缘起（说它是最深层的缘起，是从六识至七识又至八识这个纵向的层层递进发现的角度上说的。当然，在法界缘起来看，阿赖耶识缘起只是它之中的一种中间环节身上的缘起了，很普通平等）。
上面说的是阿赖耶识缘起与法界缘起。
无垢识缘起，就与阿赖耶识缘起完全不同了。
它们虽然都叫一切种识缘起，但它们各自的状态与性质完全不同。
无垢识，作为已经证悟法界空不空实相的智慧净识，已经是自由自在、当家做主的净识了。
它已经能够自主当家，不再被动的让现行法在它身上熏刻下种子了。它已经不再受熏了。
它在各个方面上都明白真相，能够当家做主了。
它刚现行就把它体上的有漏种都断尽了，展现出大圆镜智的智慧能力。
它对它体上的各种无漏有为清净种子依然是刹那刹那生生不息的摄藏、保持，摄为自体，永远不失不坏，而且还会应缘而自主改变适应新缘。
它可以自由自在的主动的警醒无漏种子应缘现行为七识与根身器界。
它也是扩大了的摄持整个根身器界与七净识作为自己的不可思议的自受用报身了的。此时，无漏种子现行的一切无漏色法与四智净识，都是它的净业正报，而没有依报了。因为它也把由它体上的无漏种子现行的前七净识（包括它自身就是四智）摄持为自体了。因为一摄一切、一切即一，整个法界原本就都是它的，都是它的自体。
现在，它只是实现了。
它已经完全实现了华严宗说的一切即一了，自然自觉的实现了摄藏一切都是它自体的自由能力了。所以四智都已是它的自体、都已是它的不可思议的自受用正报身。
但不要也由此把无垢识视为外道说的神。
因为无垢识的一切情况，体现出来的依然是缘起这个法界的绝对法则。
它的种种能力与表现，只是把它作为法界一个中间环节本具法界全体的实相、真相而能够主动的自由当家做主的实现了而已。
这就是具有智慧的净第八识。
上述个人观点，未必妥当，仅供参考。

一，渐教，八染识中，能离无明断烦恼的，能观的，只是六识。
八染识依次转净次序：六、七、八、五识。
二，佛地八净识时，八识皆为能观。
六、七、八三识皆有正、后二智一如之中道智，真俗理事双照。
成所作智五识只有能观后得智，变缘空性与万象。
三，“第八识也名阿赖耶识，就是藏识，因为这识被第七识执为我，所以名藏。将到不动地前，我执永伏，才舍了这个名字。
异熟，就是异熟识，又名业报识，因为这识就是受善不善业所感的报体，凡受业报就有分齐，到金刚道后，就不受业报支配，就无分限、无边际了，所以说：异熟空。
无垢，就是无垢识，因为此识不再受熏，一切有漏杂染种子永断，所以名无垢识。
大圆，就是大圆镜智，因为只与清净善无漏慧相应，所以名大圆镜智。到佛果位，第八转成大圆镜智，无垢净识同时发，普照尽虚空，遍法界；一切因果，实事、真理，无不朗照于大圆镜中，所以说：普照十方尘刹中。”
“成佛时以远离微细念故，即金刚道后异熟空也。
得见心性，即大圆、无垢同时发，净第八识相应镜智，照见所持一切种及法界一切诸法也。
心即常住，即如来心更无熏变之相续常、无尽常也。”
（无垢识的认识对象，是一切法。这一点，与阿赖耶识的认识对象只是世俗现量认知种子相分器界有天差地别的悬殊。
对于大圆镜智、上品平等性智、上品妙观察智它们各自的广大的认识对象进行比较，是一件比较有意思的事。）
四，
佛地经言：“大圆镜智，诸处、境、识皆于中现”。
又如来功德庄严经言：“如来无垢识，是净无漏界，解脱一切障，圆镜智相应”。
唯识亦言；“此即无漏界，不思议、善、常、安乐、解脱身，大牟尼名法”。
五，佛地经言：“大圆镜智，诸处境识皆于中现者”。
大圆镜智四智中之一智，唯佛果有。大圆镜者，喻也，谓佛之智，如最大之圆镜，镜体光明，能遍映现诸处、诸境、诸识，故云皆于中现。
无垢识，亦云庵摩罗识。无垢者，已离一切执障故。此识如来地有，故云如来无垢识。
是净无漏界者，界是藏义，谓如来无漏清净之功德藏，亦云如来藏。
若无垢识大圆镜智相应起时，即能解脱一切障法。
唯识亦言下，引唯识颂。此即无漏界，此者，指前二种转依。二转依者，转烦恼依菩提、转生死依涅槃。谓修唯识观所转得二果，即名如来无漏功德藏。亦曰不思议，远离共相故，证离言性故。曰善者，谓净无漏善。
曰常者，有三义：
一、法性常，二空所显真相。
二、相续常，转八识成四智，不间断故。经云：‘湛然相续，尽未来际，不可思议’是也。
三、无尽常。如来所现应化等身，大觉圆满，尽未来际，随类应化也。
安乐者，解脱二死之逼迫，得大安养；舍所知之碍缚，得圆明乐。
解脱身者，解脱生死所成功德之身，此身三乘共有。
大牟尼名法者，显佛果身，不同二乘。此指佛果上所成之无漏功德藏身，非但指法性身。（智法身）
牟尼，此云寂默，释迦世尊之德号也。大牟尼者，大寂默也。大寂默所成之身曰法身，故云大牟尼名法。
六，“若能观识，因唯第六，瑜伽第一，云能离欲是第六意识不共业故。通真俗，三智。余不能起行总缘观理趣入真故。瑜伽又云：审虑所缘，唯意识故。第七、由他引亦为此观，通中、后智。佛果通八识能为唯识观，三智通真俗理事二门，成事非真唯观俗识。此解依论，理或有真；但真如识定非能观。若论所观，八识皆通因果二位，真识亦尔。”
解：于大乘中何识为观耶？若在因位，唯是第六意识相应之慧为能观识。
云何知然？瑜伽说故，能离欲是第六意识不共业故。
欲者，心所之一，通于三性。此言离欲，离欲界粗重之贪欲也。
在欲界初发心人，修离欲行，是其第六意识不共功能，他识所无，故云不共。
余不能起行者，不能起三解脱门、十六谛智等行。
总缘观理者：总缘者，缘真如遍法，观理者、观四谛、三性之理。
余，谓余识，即前五识与七八识，除第六意识之外，皆不能起三解等行及遍缘观理；由此，余识亦不能趣入真见道位。
从反面言之，即显第六意识在因位中能起行能总缘观理，趣入真道，是故能观识因唯第六。
审虑考察一切境者，亦是意识不共业故。第七虽能审虑，然执内我非一切境，是故觉慧唯第六识。
第七由他引亦为此观者，真见道后第六识转智，第七末那亦随渐转，不内执我而审观平等性，亦为能观。
然唯果智非加行智，故云通中、后智。（初地至佛位，都是果智）
至佛果位大圆觉已，八识俱能为观。
三智者：妙观察智，平等性智，大圆镜智。
此三智通观真理俗事二门，真理谓唯识性，俗事谓唯识相。
成所作智非真者，唯观俗事故。颂云：‘三类分身息苦轮’，又云：‘果中犹自不诠真’。然此乃依唯识等论而说；依理而推，或亦通真。但真如识定非能观者，料简也。
真如识者，即真如实性，此定非能观。
上来明八识能观，若论何为所观者，则八识或因或果皆通所观。
事识如是，真识亦尔。