1.大学，南京的大学很多，但是我认为其中最有历史气息的当属东南大学、南京大学和南京师范大学，这三座学校的校园均建于上世纪初，现在已满是粗壮的法桐树。另外去南大的话一定要顺便去附近的先锋书店，汉口路上的雕刻时光咖啡馆也可以考虑，另外在南大与南师之间的上海路上也有一些其他的咖啡馆。
2.民国建筑，其中最具有文艺气息的一个是颐和路民国公馆区，这是小别墅小洋楼最集中的地方，马路不宽，两边是各式各样的小洋楼，树影茂密，砖墙斑驳，如果你喜欢拍照，可以发现很多文艺的细节，我一般每个季节都会去一次。另一个则是1912，但那边主要是餐饮酒吧之类的地方，有时候会比较太热闹，没有颐和路公馆清净。
3.艺术园区，南京集中的艺术园区在1865（原金陵机器局），是利用一些老厂房做的工艺园区，但目前还不是很成气候，没有北京的798那么牛。另外我建议你在豆瓣同城的南京站上找找有没有一些手工工艺坊之类的地方，赶上赶不上要看缘分了。
4.教堂，比较著名的三个教堂分别为石鼓路的天主教堂、太平北路的圣保罗教堂以及莫愁路的基督教堂，这个看你的兴趣了，反正我出门去其他城市一般是会找个老教堂看看的。
另外，我知道的古玩市场一个是在夫子庙附近、另一个则是在朝天宫，其中后者一般在周末的时候才会热闹一点，其他的我不是很清楚。另外你可以考虑去南京艺术学院附近看看，那边也许会有一些工艺品商店，南京有些工艺品，比如云锦太贵了。