Warner在2005年选择跳出合同,也打消了一切有关Eli无法成为Giants四分卫的念头。Coughlin也进入了完全依赖Eli执掌进攻的一年。而Eli也极少被要求完成制胜一传。在他的前两场比赛中,Eli的表现不错,拿下了两场胜利,而他在第三场客场挑战圣地亚哥的比赛中发挥出色。这对于Eli来说使一次考验,因为Chargers的球迷让他感受到了这一点。而他在进攻端也顶住了压力,传出了352码。然而不幸的是,Giants的防守没有抵挡住Ladainian Tomlinson和他的队友们,以23-45输掉了比赛。
而随后球队以44-24战胜了圣路易斯Rams,迎来了反弹,而Eli也创下了职业生涯最高的单场四次触地得分的记录。而在接下来对阵丹佛的时候,他表现卓越,导演了对Broncos的第四节大逆转。他同时在对阵Vikings的时候导演了比赛末端的反攻(尽管明尼苏达赢得了比赛)。
在那一年里,球队一直起伏不定,但是Giants打出了胜多负少的战绩。他们的防守可以依靠,而在进攻端他也拥有Barber,Amani Toomer 和Jeremy Shockey这样的武器,他总是有着不错的选择。尤其Barber的表现引起了轰动,通过冲锋和传接一共推进了超过2300码。
Eli也以557次传球,294次成功,3762码得记录结束了赛季。24次触地得分让他接近了NFC的顶峰,然而不巧的是,他的17次被断也名列前茅。尽管Eli在四分卫的评分中将近垫底,Giants还是轰下了惊人的422分。在比赛胶着的时候,他看上去很疲劳,而球迷们也主演厌倦了他在比赛走势不顺时令人愤懑的“为什么是我”的表情。