在日|圞|本,新任围棋“名人”藤泽决心组成围棋三人组,前往中国向中|圞|国围棋再次发出挑战。藤泽邀请黑木加入三人组,黑木不想违背与江流儿“五年后再次对决”的约定婉言谢绝,藤泽只好让黑木以“围棋顾问”的身份随三人组前往中|圞|国。
雷凌云从毒蜈蚣手里拿到了神脑丹,毒蜈蚣告诉雷凌云,服用“神脑丹”虽然可以提高围棋运算速度,但会带来头部的剧痛,服用过多甚至会死亡。毒蜈蚣仅仅给了雷凌云一枚解药。雷凌云拿到神脑丹及解药后,趁其不被,杀死了毒蜈蚣,拿走了赠给毒蜈蚣的财宝。
棋圣争夺赛的半决赛中,雷凌云对抗武云飞,两人棋艺相当,难分高下。情急之下,雷凌云服用了一粒“神脑丹”,棋艺大增,最终战胜了武云飞,但比赛后头部发痛,很长时间后才渐渐缓解。在第二场江流儿与棋鬼王的半决赛开始前,雷凌云给了棋鬼王两颗“神脑丹”,告诉他,这可以帮他助战胜江流儿。服用两颗“神脑丹”的棋鬼王战胜了江流儿,头部疼痛难忍,无力下棋,在决赛中输给了雷凌云。雷凌云获得了棋圣称号。
江流儿悄悄地从天轩棋馆待走昏迷的棋鬼王回凌云寺,请圆德大师治疗其头痛。圆德说他只能在棋鬼王头痛得厉害时减轻他的痛苦,却不能彻底根治这种怪病。
日|圞|本棋手藤泽、山崎,女棋手中川百合组成的日|圞|本围棋三人组乘船准备去中|圞|国,藤泽告诉山崎,他的棋艺无法与中|圞|国棋手相比,山崎必须消失,才能让黑木不得不参加围棋三人组,才能与中|圞|国棋手抗衡,山崎会意,跳海自尽。黑木以为是山崎失足才跌入海中,无奈地加入了三人组。
日|圞|本围棋三人组向中国棋手挑战,中|圞|国围棋界准备派出新任棋圣雷凌云、江流儿以及棋鬼王参赛。然而后二者不知所踪,于是只好派北武棋院的武云飞和东郭棋院的潘国兴代替二人应战。对决中,武云飞输给了藤泽,潘国兴险胜了小百合,雷凌云与黑木的对决成了中圞日对局的胜负关键。雷凌云为了维护大明棋圣的尊严,不顾花面郎等人的劝阻,对局中连吃了数粒“神脑丹”随在局面上占有绝对优势,却引发的脑部的剧痛。最终因为疼痛难忍,下了一步昏招,使得黑木侥幸获胜。日|圞|圞|本围棋三人组获得了最终的胜利。