举几个npc为例吧
合成人敌人＝1/2代合成人＝无智能
X688=追猎者＝智能（受预设指令限制）+3代合成人身体
丹斯=智能+3代合成人身体
尼克瓦伦坦=预设人格+智能+2代合成人身体
噶抓＝预设人格（受预设指令限制）+帮手先生身体
居里=预设人格（受预设指令限制）+智能+帮手小姐身体，可植入合成人身体
亚达＝预设人格（受预设指令限制）+机器人身体

从这么多npc的例子看来，身体似乎机器人/对合成人的智能影响不大。
根据游戏中的文本、对话记录，可以再对比普通合成人敌人、尼克和丹斯的智能水平，分别为：
合成人敌人：预设人格（攻击人类，并且用语音挑衅敌人、提醒同伴）；
尼克：预设人格（警探）+自主意识（数十年前学院的试验品，用来测试当时开发出的人工智能，在无指令的情况下如何应对废土环境）
丹斯：自主意识（丹斯自述是这样：早年在首都废土流浪，朋友被杀害于是加入了钢铁兄弟会。我认为这段记忆不太可能是学院植入的，因为兄弟会的身份难以作假。所以丹斯很可能幼年就逃出了学院，并且几乎不受预设指令的影响）

另外，身体的影响似乎也不能忽略。
假设丹斯的记忆确实不是学院植入的，那就可以证明合成人能够像正常人类一样，经历成长的整个阶段，并且能够借助化学信号和电信号，真正体验人类的感受。
而1/2代合成人、自律机器、某些过度机械改造的人类（比如豪斯先生）显然做不到这些，所以理论上可能会表现得更冷血，缺乏情感

问居里