“三清”一词在道门三清祖师信仰出现之前，便已存在早期的道教经典之中，当时的“三清”一词代表“诸天”、“天界”、“自然”、“天中之天”（宇宙）等等多重含义。
“三清”本就是对自然崇拜的自然神而演化出的神格，后来又结合了“一三论”和道教根本信仰“道经师”、以及道教经典中所记载的传说、祖师、高真上圣等等，演化出现三清祖师的神格。
三清祖师的排列是：元始天尊、灵宝天尊（玉宸道君）、道德天尊（太上老君），这个排列并不是按所谓的尊卑排列，而是按道教经文记载中的出现顺序排列的，三清道祖乃大道三位一体显化，并无世俗之中的尊卑一说，三清道祖也代表了大道发展的三个时期，元始天尊位居中央，象征天地未形、万物未生、清浊未判、阴阳未分、混沌之时的“无极”状态，灵宝天尊象征混沌始辨、清浊剖判、阴阳初分的“太极”状态，道德天尊象征万物化生的“太初”状态。