第三阶段,从正德嘉(靖)之交开始,至万历中期的70多年,为社会经济形态出现新变化、自然经济的统治地位开始动摇的时期。这一时期的主要特征是,商业性农业获得空前大发展,农业人口减少,工商业人口猛增,农业经济结构出现历史性的变革。自正德末年起,农民大规模四出逃亡的现象已经有了转变。代之而起的是,由东南沿海地区农民首先自发进行农村经济结构调整,或纷纷从农村流入城市,脱离农业生产,从事工商业;或就地 迁业 ,弃粮他种,发展商业性农业,大种经济作物、大力发展家庭手工业和各种加工业。这个新动向表明:经过明中叶以来的长期动荡起伏,社会秩序已渐渐趋向相对稳定,经济发展由此进入了一个新的阶段。其主要标志为:随着人们 本末 观念的更新,商品意识增强,商业性农业获得了空前的发展,商业日趋繁荣;手工业中的某些生产部门隐隐约约地闪出了资本主义生产方式萌芽的曙光;新兴市镇大量涌现,工商业人口大增,城乡市场网络开始形成;随着 海禁 的解除,民间海上贸易得到新生。而最引人注目的变化,是农业经营方式发生历史性变革,出现富裕农民的规模经营,集约化程度提高。这种发展势头的到来,主要是由于两方面的推动。一是国内大局比较平和,除 南倭北虏 的骚扰之外,没有发生大规模的战争,使社会经济有一个比较宽松的发展环境。南方农、工、商业得以继续稳步发展,湖广、四川等地迎来了新的机遇,成为全国重要的产粮区。特别是广大北方地区,生产发展速度明显加快,华北平原的发展更为突出。南北之间的经济交流日益频繁,北方部分地区水稻的种植面积进一步扩大。二是以 一条鞭法 为中心的赋役改革。 一条鞭法 ,从嘉靖初年开始在部分地区试行,虽因有利有弊,而时行时止,但一些地区的赋役改革并没有停止,仍在不断探索之中。至万历初年张居正进行政治、经济综合改革, 一条鞭法 终于在全国得到全面推广,这是明中叶以来赋役改革的继续和发展。赋役实行合一、 计亩征银 ,使生产关系得到一些调整,农民的人身依附关系更为松懈,促进了生产力的解放。同时,赋役实行折征银两,简化了项目,有利于由实物地租向货币地租转型,又反过来激发了商品经济生产的发展。另外,这一时期高产粮食作物蕃薯和高效经济作物烟草的引进,也为社会经济发展注入了新的血液。前者,由于对土质的适应性广泛,使各类土地得以充分利用,省时省工,为更多的农村人口投入工商业活动提供了可能。而后者的高利润,则刺激着更多的农民弃粮种烟,使粮食作物的收入在农业中的比重开始下降。
这些也加快了农业经济结构的变革进程。