汉藏教理院的开办宗旨，从该院于一九三五年给刘湘的公函和一九三六年报送四川省政府的呈文中，可以有所了解。公函中阐述汉藏教理院是“为沟通汉藏文化，团结汉藏精神，巩固西陲边防，保全中国领土”而兴办的。呈文中则叙述得更为具体，“鉴于康藏地大物博，矿产尤富，英人垂涎，已非一日，侵略计划。无微不至。如因循坐视，势必被其攫取，则西陲藩篱撤而危及内地矣，后患何堪设想！亟应汉藏团结一致，使英人无隙可乘。第自清末，革除达赖封号以来，迄无宁日，今欲化除隔阂，恢复旧好，联成一气，不为外人所利用，则非从沟通文化入手，绝难收效。”
北伐战争结束后，国民党建立南京政府，颇思于西藏问题上有所作为。
1930年，达赖派贡觉仲尼为西藏驻京办事处处长，加强与中央政府的联系。1930年5月，达赖会见国民政府派往拉萨的刘曼卿，谈话中承认西藏是中国领土，康藏问题是中国内部问题。然而当年6月，英国以命令尼泊尔停止侵藏为条件，强迫达赖命令驻防西康德格的藏军，向驻防甘孜的川军发动民国以来的再次进攻。1930年，第21军军长刘湘“治渝州军次，高瞩康藏政俗，胥依佛教，方有选汉僧赴藏留学之议”[15]，商同四川省政府，通令该军驻区各县，每县寺庙合资派遣比丘入藏学经。其办法如下：由县府召集佛教团体及寺庙住持共同商议，分担学费，推选比丘，以留学西康为第一步……留康费用，每人年需川洋两百元，除年费外，所有供养熬茶、衣具、住户及经典等临时费用，由全县寺院分担……将来比丘留康学成，经其根本喇嘛允许介绍，足以前赴拉萨者，再由各寺庙议担其费用[16]。并规定各县在三个月内，将派僧筹款情形，呈报核办，事在必行。
对这些政治变化，太虚颇为敏感。1929年，曾在1917年康藏战争中反对达赖的西康诺那呼图克图就任蒙藏委员会委员。太虚特推诺那为中国佛教会“名誉理事长”。1930年秋，太虚赴重庆佛学社讲经。刘湘于杨柳街招待所宴请大师，席次谈及选僧留学康藏事，成立汉藏教理院之因缘于斯际会。太虚后作《汉藏教理院缘起》记之：
　　去年重庆刘甫澄（即刘湘）督办，有派僧游学康藏之事也。太虚曩赴欧美，尝有设世界佛学苑之创议，而关于汉藏佛教教理研究院，须亟筹设。去秋以川省缁素邀请作巴蜀游，闻刘督办之举而壮之，谓与其派往游学，不如就川省设学院，聘请汉、藏讲师，招汉、藏青年研习之。潘仲三、潘昌猷、何北衡、王旭东、王晓西诸公韪其议，申请于刘督办，遂筹定院址，指划经费，而有本院之成立[17]。
[15]太虚：《汉藏教理院记》，《太虚大师全书》第61册第1140页。
　　[16]《威音》第十八期，民19年9月16日，1—2页。
　　[17]太虚：《世界佛学苑汉藏教理院缘起》，《太虚大师全书》61册1033页。
同样对于刘湘“选汉僧赴藏留学之议”印光大师认为：
至于送僧于藏学，拟沟通川藏佛法，此实外行人之计画。吾国佛法，法法完备，所欠少者，唯密宗耳。言沟通者，须明本有之法，然后以其余力学彼密宗，以辅翼本有各宗。今以未曾致力于各宗之僧，令从留康某等之魔王学，学成之后，必能坏乱佛法，疑误众生。如某某之欲打倒、废灭、铲除二帝三王之道，其于儒教、佛教均大有关系。汝是明理之人，刘公（指刘湘）一番好心，固不得不遵。然古今立法，均须询及哲士方可施行。岂不计利害，而但取其即行为是耶？使不见某某之魔知魔见尚可，已知其为魔，而又令未魔者依魔去学，则不为魔民魔女者盖亦少矣。此事关系甚大，光不得不说。不过光与汝说之言，不可向彼不知者直述。当委曲婉转引前之祸，为后车之鉴，则可矣。（宜先学本有之佛法，不学此法，即是舍家珍而行乞耳。）
（摘自印光大师复谢慧霖居士书十二 ）
印光大师对喇嘛教比太虚大师有更深刻的认识。