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一开始决定主角是三人组时，就确定其中要有一位侨生（指海外出生连续居留迄今或最近连续居留海外六年以上并取得当地永久或长期居留证件的华裔学生）、一位女孩。 但是出资的万代对角色设定很有意见，因为（不只是《DIGIMON》）这样男童向动画当中，很多动画女性角色的周边商品往往都会滞销。因此应万代的要求，动画制作人员提出的对策方案，就是让这个女主角比其他人都强悍，而且也配给她一只够强的数码兽。关于这样一个“强悍的女主角”，小中千昭以《黑客帝国》中的崔妮蒂作为角色原型设计出牧野留姬这个角色，加上人设中鹤胜祥设计了前所未有的凤梨头女主角造型，完成了留姬独树一帜的角色风格。关于留姬的家族构成，除了其父亲不详之余并没有再对留姬的父亲做更深入的设定（因为只是反映时下单亲家庭很多的事实，所以以平常心处理）。在剧场版中描述留姬对父亲的思念，其实是剧场版导演中村哲治先生独断的设定。虽然这么说，但只看动画的表现，实在感觉不出来留姬有特别强。虽然嘴巴硬且态度又高傲，但是留姬从初期就很容易陷入苦战；而打从一开始健良好像就不是特别怕她，启人的战斗经验丰富一点后，才10集左右就看得出来基尔兽的战斗力（单体破坏力方面）比妖狐兽高得多。再加上妖狐兽的能力老是朝防御、治疗方向觉醒就很容易让人感觉……当然也不是弱，但我觉得如果当初的目标是要让观众觉得“留姬很强”的话，结果是蛮失败的。可是她的强悍并不是因为模仿男性“像个男人所以强”，而且角色定位也不是为了跟启人或健良搞暧昧，是一位货真价实的女战友。光是这两点，就觉得留姬的存在感是同类型男童向动画中其他女主角无法取代的，从这一点而言是成功的。
因为指定要有侨生（也是反映时下现况），因此设定了李健良这个角色。健良的角色定位是跟第一男主角启人有着对立“相异价值观”的人物。随着跟伙伴一同冒险，健良和启人都会慢慢学习到“每个人的想法都不同，所以要彼此尊重”的观念。可就设定和最后故事上的呈现还是有很大的差距。虽然从各方面可以看出李君的个性和生活背景和启人有很大的差别，但是因为李君的性格被设定得过于内敛（例如DT里面，健良在人际关系上很低调，跟启人（还有留姬）的关系本来就建立在驯兽师的身份上，但是启人是个很主动想交朋友的孩子，所以健良才会跟启人的交情变亲密，成为他唯一的可以称得上是朋友的人（但也几乎仅限于单方面接受启人的依赖，他几乎不要求启人为自己做什么），不管是在学校或是校外，健良总是跟启人混在一起。相对上跟留姬系就保持在不冷不热的战友关系（说直接点，就像还不到至交的同学或者同事），可能是因为从来都没想过要更主动地交朋友。对于博和跟健太，在健良的观念中，只把博和与健太当作＂朋友的朋友″，而不是自己的朋友；以至于建良甚至没有正面直接跟博和与健太说话，大多都是透过启人跟他们说话，有必要直接喊他们的时候，居然称呼是“喂！你们……”（剧场版），但博和跟健太是会主动跟建良说话的，跟后期的启人一样直接叫他健良，又比方说学校到山上露营，健良和启人带着数码兽脱队，博和与健太很热心说要帮他们掩护，而健良班上的同学呢？根本没人注意到他的样子。当然不见得是被排挤（但是这对混血儿来说很正常），也可能是建良因为心理年龄比较高，所以有意无意跟同学们保持距离（没有共同的兴趣），也有可能是被排挤→变得老成→继续被排挤这样的恶性循环），最后变成有什么想法和意见都默默闷在心里，然后还是温和笑盈盈地辅导启人解决问题，完全从对立者的立场变成保护者的立场；也因为建良本来个性就过熟，他的个人成长也不如启人和留姬明显，而且从初期的动画介绍资料或角色CD发行的顺序等等都可以看出来，原本DT的第二主角是健良，第三主角才是留姬。但是从中期以后，却默不作声地在很多资料上变成第二主角是留姬，第三主角是健良。健良也真是个可怜的孩子，大概因为不好发挥所以戏份就被慢慢剥夺掉了。
加藤树莉在最初的企划当中，角色定位只是启人心仪的同班同学而已。但随着设定越加越多，发现有许多可以发挥的地方，最后决定让这个角色来背负DT剧情中沉重的一面，因此树莉的戏份越来越多，甚至成为第4名伙伴（驯兽师）。加藤树莉的角色原型是同样由小中千昭担任系列构成的动画《Serial experiments lain》（中文译名为《玲音的系列实验》）里的小配角瑞城爱莉丝。《Serial experiments lain》同样是描写现实世界与网络世界混乱的故事，女主角玲音是似人造又非人造的存在。爱莉丝是玲音独一无二的知己，但因为某些阴谋与玲音发生嫌隙。因为小中千昭希望这个角色最后能得到幸福，因此在这两个母题有些类似的作品中，将瑞城爱莉丝投射到加藤树莉这个角色上（事实上“加藤树莉”也来 自《Serial experiments lain》里的另一个同名角色），也因此聘请当时为瑞城爱莉丝配音的浅田叶子女士来为加藤树莉配音。另外，小中先生似乎对编写男女感情戏很有兴趣，因此不断增加启人和树莉的感情戏。他自己也提到DT后半的剧情已经决定走向严肃并有爱情戏，所以建议选用歌词内容比较严肃的情歌。因此才有机会选用（以男童向动画而言有点不搭的）《Days-爱情と日常-》这首歌当作后半部的片尾曲。
树莉的戏份增加后首当其冲受害的角色就是盐田博和。盐田博和这个角色的原型在初期企划案就已经出现了。当时的设定是“DIGIMON卡片游戏的大名人，也是启人最好的朋友”、“启人最初的战斗方式就是模仿他”、“也是第一个能接受在现实世界具现化的数码兽的伙伴”。也就是在最初的设定中，博和应该是实力够强而且会变成首先成为第4个同伴的角色。但结果“卡片游戏的大名人”这个身份被留姬拿走，启人的好朋友（或说是保护者）变成建良，第4主角变成树莉，在加上健太跑进来抢戏份，博和整个变成炒气氛用的搞笑人物。相对于博和，原本并没有打算给北川健太太多戏份，他的定位甚至比其他同班同学还要低，所以健太并没有在前半部的片头曲中登场。但在动画制作完成后的第1集的内部试映会中，健太和博和一搭一唱的效果意外大受好评，因此慢慢加重他的戏份，最后居然变成主角群之一。
又相对于健太，建良的妹妹在李小春在前半部的片头曲中一开始会被画成像驯兽师的样子。事实上是动画导演贝泽幸男先生随意画上去的：“我是想，也许那是描述故事结束后的发展也说不定”，再加上人设中鹤胜祥先生特别偏爱这个角色，为小春画了很多的设定画。这些预期外的厚待，才让小中千昭后来有了可以让小春成为驯兽师的想法。
打从一开始就决定要让人气非常高的秋山辽在动画版里登场。最初是要让他在DA02的暑期剧场版（《超绝进化，黄金的数码之心》）登场，当时连关键字“将会有等待着你的数码兽”都设定好了，后来因为大耳兽（Terriermon）这个角色的原因没有采用（当然这应该是制作人员们的戏言，大耳兽来自DA02的暑期剧场版导演山内重保在编写各种剧本腹案时的涂鸦，因为这个可爱的角色大受好评，所以最后不但采用有大耳兽登场的这个故事，也让大耳兽成为少数自动画版逆流到游戏版的怪兽角色，并且在DT 中为升格为主角)，所以就要求一定得在DT让他登场。动画中秋山辽爽朗的形象，主要是来自配音员金丸淳一先生之前为游戏版配音而来的，不过游戏版的辽并不是这种个性；甚至说如果当时顺利让辽在一开始就设定是较为灰暗的故事的DA02剧场版登场，辽的个性一定又会不一样了。所以DT的秋山辽，其实是先求登场、再求用途， 就莫怪不但他的剧情很奇怪，还处处跟动画版前作与游戏版牴触了。而且明显小中千昭也不太想管秋山辽的设定问题，在制作人关弘美发表“《02》和 《TAMERS》的秋山辽是同一人”的问题发言后，小中千昭不但不去补设定，还在DRAMA CD里让秋山辽说“遇到科学飞龙兽后才第一次到数码世界”这样越来越混乱的发言。
事实上在最初由游戏公司WiZ提出的企划中，准备作为主角（启人）搭档的数码兽是小妖兽，但是因为小妖兽的造型一看就是坏孩子，小中千昭认为既然DT的主题是要让数码兽从斗争本能开始，陆续学会友情和战斗以外的价值观，最好还是要让主角的数码兽从完全纯真的状态下开始故事。因此WiZ重新设计了基尔兽，来担任主角的搭档；但在WiZ接下来的企划中，则建议让小妖兽担任故事前半部的头目级敌对角色。可小中千昭又认为，（既然这么重视这个角色）只是＂强″并没有办法凸显一个角色的魅力，所以将小妖兽修改设定变成“还不成熟，但是追求成长”，跟主角们在不同立场但又算不上敌人的第3方角色。但是WiZ的企划已经实行到一定程度，所以跟着DT开播一起推出的WS电玩版《デジモン・メドレー》就按照原设定让小妖兽担任中头目，而动画版初期的宣传海报（也就是东和兴碟片用的封面）也把小妖兽的画面占了整个海报的三分之二还被主角们踩在脚底下，很像是重要的敌人就是这个缘故。