和动画设定基本差不多，也有不同，比如第一次驾驶初号机的是绫波，还有开头给真嗣加了段独白彰显其阴暗的心理之类的，使徒直接省掉了好几个:鱼天使只给了两格画面然后就gg了，胎天使雨天使夜天使恐怖天使直接cutcutcut，JA的启动实验(tv7)出于剧情流畅剪掉。
不过也加了些新的东西:比如真嗣被初号机吸收那里绫波发动第二使徒呼唤技能把他叫回来，tv里是美里的作用，这里反而更传神；加持的黑历史，这个倒也填了一个坑(为何他要去当间谍还有他的身份问题)；最后seele对总部大屠杀时救真嗣的是司令，而且还用了手上亚当的at立场团灭了小兵，并且让司令在那儿对真嗣坦白了自己一直以来对他如此态度的原因，和他坚持要引发三冲的原因，个人觉得这里改的很赞。
然后其他地方，明日香来日不是tv在航母上，而是给她和真嗣三人组安排了个意外的邂逅；音乐天使连同步率的那里改成舞蹈而且似乎比tv更丰富了，不过删掉了晚上真嗣偷吻未遂的情节后来也没有自杀但是在鸟天使之战后直接植物人了，最后也没被分尸因为真嗣唤醒初号机然后驾驶它来救场了。
至于真嗣，漫画里其实开朗了许多，日常几乎就是个普通的中学生的性格，不过也有比起动画特别中二的时候比如昼天使那儿是真嗣自己打开插入栓让铃原二人进去，最后也是他自己【唤醒】了被封住的初号机去救明日香而不是干脆原地抑郁。
结局，所有人来了个二周目，记忆消失(还不如死了呢)

漫画番外里的真希波是贞本义行自己yy的，并不在剧情里。破应该只是直接引用了这个设定。(毕竟ROE系列是新篇剧情)