长时间佩戴隐形眼镜有可能导致眼睛抵抗力下降。角膜也是需要呼吸的，透氧性再高的隐形眼镜也会使角膜无法正常接触空气，对角膜呼吸造成一定影响。眼睛可能会因缺氧而产生类似于人体“高原反应”的情况，无法正常代谢、抵抗力下降。
长时间佩戴隐形眼镜还可能导致视疲劳、干眼症。长久配戴隐形眼镜，容易产生视疲劳，甚至引发干眼症。隐形眼镜吸附泪液中的蛋白质、脂质、胶原等，使之沉积在镜片表面，滋生病菌，角膜水肿、角膜新生血管反应和过敏反应等因此而起，引起眼球过敏。隐形眼镜磨损角膜，对角膜造成一定伤害。部分隐形眼镜凹度与角膜凸度不符，不规则磨损角膜，可能引起角膜溃疡。长时间佩戴隐形眼镜可能造成眼神经麻痹。隐形眼镜长期贴附在眼球上，会使神经末梢麻痹，导致角膜知觉减退。很多患者出现溃疡性角膜炎还浑然不觉。如果镜片清洗消毒不严，有可能引发感染。