肾炎的炎并非细菌感染发炎的炎，到目前为止肾炎的发病机制尚未完全清楚，是多元化的因素，其发病机理属免疫性损伤，肾脏组织中有细胞浸润和增生等炎症反应，但这是由于免疫反应所致的炎症，而不是由于细菌直接引起的炎症。
但是在临床上有些肾炎的发生的确与细菌感染有一些关系。常见的有两种情况：
① 急性链球菌感染后肾小球肾炎，或病毒感染后急性肾炎，这些微生物进入机体作为一种抗原，引起机体产生相应的抗体导致免疫反应，而引起肾炎。
② 感染可以加重原来的肾脏病；如原已有肾炎，在某种情况下可合并细菌感染：如呼吸道、肠道、泌尿道或皮肤感染，这些感染激发了机体的免疫反应，而间接激发肾小球肾炎的损害，加重病情。
所以在临床上不是所有的肾炎均需应用抗生素治疗，要严格掌握应用的指征，并弄清肾炎用抗生素(即消炎药)的目的，是消灭或控制肾外细菌感染病灶，清除进入机体的抗原，减轻机体免疫损害而达到减轻或治疗肾炎的目的。