为了确定肾脏病理改变性质，制定确切的治疗方案，估计病情及预后，只要临床上没有禁忌症均可考虑肾穿刺活检术，需做肾穿刺活检的常见疾病有：
急性肾功能衰竭
不明原因的急性肾功能衰竭，肾脏大小正常、且无尿路梗阻者，为了确定诊断、选择用药、判断预后，肾活检是十分必要的。
肾病综合征
成人原发性肾病综合征，应在治疗前做肾活检。主要目的是明确病理类型，确定治疗方案，以免盲目使用肾上腺皮质激素及细胞毒药物而出现不必要的副作用。特别是治疗无效或反复发作的病人更需进行肾活检。
原因不明的蛋白尿
一过性蛋白尿及真正的体位性蛋白尿是良性的过程，不需肾活检。而持续性无症状性蛋白尿，尤其是尿蛋白质定量＞1g/24h，或伴有镜下血尿、管型尿、高血压及肾功能损害时，应考虑肾穿刺活检。
血尿伴或不伴有蛋白尿
尤其是在儿童及年轻人持续性反复发作的肾小球性镜下或肉眼血尿，经历各种检查仍不能确诊者，肾活检可能有助于确立诊断。检查结果75%会得到肯定的病理组织学诊断，其中最常见的为IgA肾病和薄基底膜肾病。
肾炎综合征
有下列情况者应做肾活检：
① 肾炎综合征的病因不明，考虑是继发于全身性疾病；
② 肾小球肾炎，肾功能减退较快，需明确其病理类型；
③ 不典型的急性肾炎或急性肾炎数月后不愈或出现肾功能下降者；
④ 急进性肾炎综合征，肾活检可发现炎症及免疫沉积物的存在及其形态、程度等。
结缔组织疾病
通过肾活检能帮助做出合理的治疗措施。
肾移植
鉴别移植肾是否为排异、环孢素中毒或急性肾小管坏死等有重要价值。另外移植术后2~3周移植肾没有功能或肾功能迅速下降或拟诊为排异反应，经充分抗排异治疗无效或不明原因的出现持续性蛋白尿，且量较大，以明确是否为原发肾疾病复发或其他原因者也应肾穿刺活检。
慢性小管－间质性肾病
如轻度的蛋白尿、脓尿、原因不明的肾小管功能缓慢地进行性减退，临床上有时难与肾小球疾病鉴别。
其他
经过详细的检查，仍未能确定肾功能衰竭的原因，而患者肾脏又未缩小者，可考虑活检以明确诊断，疑为家族性遗传性肾病，如Alports综合症，应做肾活检有助于诊断。总的原则是要慎重权衡肾活检的利弊，做出选择决定。
注意！肾活检对下列情况疾病是没有价值的：
① 肾功能衰竭且双肾体积已萎缩；
② 囊性肾疾病；
③ 急性肾间质感染性疾病；
④ 恶性高血压等。