我是高中生侦探速水新一，当我跟隔壁家的妹妹金田一四一起到游乐园游玩时，却目击了十二主神的交易现场。
当时我只顾着偷看交易，却忽略了从背后而来的另一个同伙。我被那个人强灌了毒药，等我醒来时。
“我的身体已经缩小了！”
如果他们知道速水新一还活着，我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人。在明智警司的建议下，我隐瞒了身份。当阿四问及我的名字时，情急之下，我化名为江户川柯南。为了搜集那些家伙的情报，我住进了父亲以侦探为业的阿四家中。
身体虽变小，但头脑一样棒，无所不知的名侦探，真相永远只有一个！