规范申报：企业应根据《中华人民共和国海关进出口商品涉税规范申报目录》的规定要求填报进口申报要素，申报要素包含品名、品牌、型号、用途、加工工艺、包装规格等。同时，需要提供进口合同、发票、产地证、自动进口许可证、装箱单、海运提单、中文标签等相关文件。
查验和检验：根据需要，海关会对化肥进行查验和检验，以确保其符合我国的质量和安全标准。
缴纳进口环节税费：海关根据相关规定，以及化肥的类别和价值，计算出进口环节产生的关税和其他税费，进口货物收发货人需缴纳相关税费。
审批和放行：经过海关的查验和检验后，如果符合相关要求，海关会进行审批并放行货物，允许其进入国内市场。
二
通关注意事项
（一）进口化肥关税配额
根据《化肥进口关税配额管理暂行办法》要求，在公历年度内，国家确定实行关税配额管理的化肥品种以及年度市场准入数量，在确定数量内的进口适用关税配额内税率，超过该数量的进口适用关税配额外税率。
根据商务部《2024年化肥进口关税配额总量、分配原则及相关程序》要求：
2024年化肥进口关税配额总量为1365万吨。其中，尿素330万吨；磷酸氢二铵690万吨；复合肥345万吨。
2024年化肥国营贸易关税配额数量分别为：尿素297万吨，磷酸氢二铵352万吨，复合肥176万吨。国营贸易企业中国中化集团公司、中国农业生产资料集团公司在国营贸易总量内申请关税配额。
2024年化肥非国营贸易配额数量分别为：尿素33万吨，磷酸氢二铵338万吨，复合肥169万吨。非国营贸易企业在非国营贸易总量内申请关税配额。
（二）进口许可证管理
根据商务部、海关总署《自动进口许可管理货物目录（2024年）》要求，以加工贸易方式进口化肥（目录序号第17和32项）必须向海关提交“自动进口许可证”。
（三）进口化肥标识标签
包装标识标签应符合《肥料标识内容和要求》（GB 18382—2021）相关规定。
（四）有毒有害物质检验
肥料中有毒有害物质按照《肥料中有毒有害物质的限量要求》（GB 38400—2019）实施检验，不符合标准要求的禁止进境。
（五）放射性检测
对进口磷肥及其复合肥应按照《磷肥及其复合肥中226镭限量卫生标准》（GB 8921—2011）批批实施放射性检测，含磷肥料中226Ra的含量不得高于500Bq·kg-1。
（六）危险化学品监管
对于硝酸钾等属于危险化学品的化肥，应符合危险化学品检验监管的相关规定。另外化肥储存需要达到防潮湿、防挥发、防受热、防火灾、防爆炸、防腐蚀、防混放、防误用。
（七）品质检验
常见进口化肥检验项目在砷、镉、铅、铬、汞五项元素之外，还可能涉及外观、水分、粒度、氮含量、磷含量、钾含量、钠含量等。