富山城
细川统治时代
天文12年（1543年），神保长职为了拓展在越中东部和新川郡的版图，命家臣水越神重于神通川东岸的安住乡建筑富山城。
安土（第一至第四）桃山（第五）时代
永禄3年（1560年），因长职持续侵扰椎名氏的领域，与椎名氏为从属关系的上杉谦信为支援椎名氏而向富山城攻打，不敌强大的上杉军的长职，于是弃城逃向增山城，但经过一个多月，增山城也遭到攻陷。同5年，转至白鸟城为据点的神保氏，因上杉军的猛烈攻势下决定开城投降，降伏于上杉氏。富山城因是北陆的战略要冲，在之后约15年间，富山城为上杉氏、椎名氏、一向一揆等的争夺之地。
天正6年（1578年），以上杉谦信病逝为契机，斋藤长龙率领织田军在月冈野之战大胜上杉军 ，并在之后夺回富山城，后由神保长住接任城主之职。同10年（1582年），为协助在甲州征伐中陷入苦境的武田胜赖，唐人亲广和小岛职镇发起一揆急袭富山城，并囚禁长住，后被柴田胜家等织田军镇压。但亦因此长住退下城主的职位，改由佐佐成政担任。以富山城为据点的成政将富山城进行大规模的改修。
本能寺之变后，成政与丰臣秀吉为敌对关系。天正13年（1585年），秀吉发动越中征伐亲自率领十万大军包围富山城，最后迫使成政开城投降，富山城也遭受破坏。前田利长因在战场上建立战功，被赐封越中三郡（射水郡、砺波郡、妇负郡）。文禄4年（1595年），领域新增新川郡 。庆长3年（1598年），利长从前田利家手中接下家督职位，并在关原之战后当上加贺藩初代藩主。
庆长2年（1597年），利长由守山城移住富山城到同4年（1599年），之后在同10年（1605年）将藩主之位交给前田利常，由金泽城移住富山城作为隐居城。同14年（1609年）富山城发生火灾，主要建筑物遭烧毁，因此利长建造高冈城且移居该城，而富山城由津田义忠担任城代之职。
江户时代
宽永16年（1639年），利常将家督之位转封给长子前田光高，分别给次子前田利次十万石、三子前田利治七万石，其中利次设立富山藩。翌年利次向加贺藩借富山城，当作暂时的居城并入住。当时原打算于妇负郡百冢建筑新居城，但因财政困难而中止计划，后在万治2年（1659年）与加贺藩进行领土交换，将富山城周围土地纳为领域，并正式将富山城作为居城。同4年（1661年），获得幕府许可，对富山城进行修复、整备城下町，且对北陆街道进行修补。
近代
明治4年（1871年），因废藩置县政策而废城。本丸御殿作为县厅舍（非现地），二之丸则作为小学校地使用（已拆除）。

历任城主

鱼津城
传说是建武2年（1335年）椎名孙八入道建造的。城的周围是鸭川（神明川）、角川、富山湾、友道的沼泽包围的地方，据说本城被双重的护城河和石墙保护，还配备了天守阁。
战国时代椎名康胤与上杉氏叛离后，落入了追讨椎名氏的上杉军手中。之后成为上杉氏越中统治的重要据点，河田长亲长期担任城代。天正10年（1582年）的鱼津城之战中，织田军和上杉军展开了可怕的攻防战。但是，由于之后的6月6日本能寺的变化的消息传来，织田军撤退，马上上杉军夺回了。
之后，天正11年（1583年）3月，被整顿态势的佐々成政再次包围，城将须田满亲开城转出信浓的海津城，其成政也因富山的角色被前田·上杉军夹击，之后投降秀吉的大军前，天正15年（1587年）被肥后移封，但发生一揆而没落。
文禄4年（1595年）前田利长增加了新川郡，从上杉家的越中众（土肥氏、柿崎氏、舟见氏等）那里得到了郡内的诸城。由此，长尾能景以来的上杉氏的越中支配结束了。前田氏的治下除了青山吉次等担任城代之外，富山城烧毁后的庆长14年（1609年）3月22日开始转移到高冈城的同年9月13日前田利长作为据点，根据元和的一国一城令成为废城。废城后作为加贺藩的御藏“古城御藏屋”使用（1785年发行的鱼津町惣绘图中也有记载）。
现在，本丸旧址是大町小学遗址（2018年4月合并为位于鱼津市本江的鱼津市立四叶小学），二丸遗址是鱼津简易法院等地，几乎没有留下遗迹。

松仓城/飞騨高山城（太平）
1579年（天正7年），飞弹国人姐小路赖纲筑城，居城从樱洞城转移。
自纲为了对抗第五政权的领导人羽柴秀吉，与越中叛军富山城主佐々成政联手，因此1585年（天正13年），从秀吉那里接到讨伐三木命令的越前大野城主金森长近进攻飞弹压制了它。在这场战斗中，以难攻不落而自豪的松仓城因我方的背叛而落城，之后在金森氏的管理下进行了改建，1588年（天正16年），由于高山城筑城成为废城。

岩村城
镰仓幕府的御家人加藤景廉的长子远山景朝建造，其子孙岩村远山氏直到战国时代都是城主。
景朝赴任远山庄的镰仓时代初期，是在平坦部建造的堡垒或城馆，织田氏、德川氏、武田氏的抗争变得激烈的战国时代末期的16世纪中，远山氏、武田氏的手构筑了真正的城山。
《太平记》1337年（南朝：延元2年，北朝：建武4年）越前金崎城之战中出现了“美浓雾城远山三郎”的名字，可以看出镰仓时代末期存在着被各国所认知的远山氏之城（但是，岩邑府志认为雾城是当时远山氏诸城的通称，太平记的雾城是否在现在的岩村城的地方还不清楚）。
安桃时代
1570年（元龟元年）甲斐国武田氏的家臣，以信浓伊那郡的大岛城为据点，伊那郡代的秋山虎繁（信友）进攻东浓，在上村的战斗中胜利西进，织田方的武将明智光廉（三宅长闲斋）在小田子村击退了它（上村合战）。
1572年（元龟3年）8月14日（1571年（元龟2年）12月3日，远山氏最后的城主是远山景任，但景任病逝后，信长将5男年幼的（御坊丸）作为岩村远山氏的养子。后见是信长的姑姑（通称光泽的人等），代替幼年的养子作为女城主进行了分配。
1572年（元龟3年）10月，信玄率领大军出阵攻击远江德川家康，同时再次命令虎繁攻占岩村城。岩村城被武田方包围，但信长在诸战中无法前来帮助，光泽以与秋山虎繁结婚为条件投降。
1573年（元龟4年）2月末，虎繁娶了光泽为妻。信长像看东西一样带着1万人的士兵在岩村城周边布阵。3月15日马场信春和杂兵一起800人攻打织田势，冈部正纲50骑，越中众30骑，飞弹众30骑，110骑中有34～35名年轻人追赶织田势，取下了躺在草上撤退的27名杂兵的脖子。织田势退却到了岐阜。之后，岩村城落城，岩村远山氏投降，信长直参的35骑被斩首。（岩村城之战）。
1575年（天正3年）同年5月21日长筱之战之后，趁武田势力衰弱之际，信长夺回了岩村城。信长以嫡子信忠为总大将进行攻城战，经过5个月的战斗后，武田胜赖的后诘没赶上，城堡陷落了。开城时，虽然约定了虎繁的助命，但织田方推翻了这一约定，虎繁夫妇等5人在长良川河岸上被倒挂而被处刑。成为织田方的城堡后，河尻秀隆成为城主，进行了城堡的改造，接近现在的城郭。
1582年（天正10年）织田氏征伐甲州，武田氏在天目山之战中灭亡之前，信长没有踏入信浓，而是停留在岩村城接受战果报告。武田氏灭亡后，河尻秀隆被移封到甲斐国，成为团忠正的居城在不到3个月的时间内，由于本能寺的变化，忠正战死。岩村城由从信浓国回来的森长可接收，长可死后由森忠政继承。此时成为城代的森氏家老、各务元正，在这之后花了约17年的时间变成了近代城郭，完成了现在的城郭。
1584年（天正12年），在小牧·长久手的战斗中，逃往德川家康身边的明知远山氏的远山利景进攻，也被元正击退。
1599年（庆长4年）丰臣秀吉死后，森忠政被移封到信浓国松代后，田丸直昌入城。
1600年（庆长5年）关原之战中，大阪城番的直昌成为西军，岩村城的田丸主水成为城代，但在远山利景、远山友政、小里光亲等人的攻击下，田丸主水让出了城。（东浓之战）
1601年（庆长6年）松平家乘成为城主，岩村藩立藩。家乘将山上的城主居馆转移到城的西北山麓，整备了城下町。
统治者：远山家（第一政权至第三政权）——秋山虎繁（第四政权前期）——河しり秀隆（第四政权后期）——森氏（第五政权至江户时代）——一色丹羽氏——大给松平氏

饭山城
弘治3年（1557年）武田氏将高梨政赖从高梨氏馆赶往饭山城。
永禄7年（1564年），越后的上杉谦信为了对抗将势力扩展到信浓一带的甲斐国武田信玄，作为越后防御·信浓计谋的前线基地正式筑城。对于已经在颈城、新川、北信拥有众多城堡的长尾、上杉氏来说，这是谦信新筑城的稀有城堡之一（根据《上杉辉虎书信案》，1564年10月1日谦信自己确认了建筑的完成）。
天正6年（1578年），由上杉氏割让给武田胜赖，灭亡后暂时成为森长可的居城后成为上杉景胜的持城，在城代加入岩井信能。后来，丰臣秀吉的家臣石川光吉作为代官统治了千曲川两岸，庆长3年（1598年）关一政以3万石入封。关氏在第二年移封到了美浓国土岐。庆长8年（1603年）松平忠辉以18万石入封信浓国川中岛，其家臣皆川广照作为傅役以4万石被放入，不过，向德川家康诉诸忠辉的不行迹的地方反过来作为家老不适合的指摘被除封了。
之后，堀氏、佐久间氏、樱井松平氏、永井氏、青山氏眼花缭乱地更换了城主。享保2年（1717年），本多助芳从越后丝鱼川藩入封，之后本多氏10代在饭山城居住到明治维新。
明治元年（1868年），受到旧幕府军冲锋队的攻击，城下被烧毁（饭山战争）。城堡的建筑在废藩后因破坏和烧毁而失去。

贝津城（流亡至乱麻）/海津城（日轮）
海津城的正确筑城时期不明。战国时期，甲斐国的武田晴信（信玄）开始进攻信浓，在稳步合并领土向北前进的途中，与庇护北信豪族的越后国的长尾景虎（上杉谦信）在北信·川中岛地区发生了军事冲突。这个武田晴信和长尾景虎的最初的对决，对峙，发展为之后围绕北信·川中岛地区的川中岛的战斗。此时，千曲川河畔的海津城作为川中岛地区的据点城郭被整备。根据《甲阳军鉴》，武田氏接收了北信国众清野氏的馆，命令武田家足轻大将山本勘助筑城，根据《军鉴》，本城配置了小山田虎满（备中守），二曲轮配置了市川等长·原与惣左卫门。
在文件上，海津城的筑城从1559年（永禄2年）开始（《信浓史料》12卷-250号），第二年完成（《军鉴》）。据说筑城由屋代氏、香坂氏等川中岛四郡（更级郡、陶俑科郡、高井郡、水内郡）的国众担任。
海津城与东条城、尼饰城一起位于通往上杉氏的最前线。永禄4年（1561年）9月上杉氏进攻川中岛后，海津城的城代武田家臣春日虎纲（高坂昌信）在海津城笼城等待信玄本队的到来，9月10日在八幡原进行了两军的决战（第四次川中岛之战）。
另外，海津城也作为川中岛四郡的领国支配·国众支配的据点发挥作用，作为城代的春日虎纲被认为具有郡代的权限。
天正10年（1582年）3月武田氏灭亡后，成为武田遗领中支配信浓川中岛四郡的织田氏家臣森长可的居城。森长可从武田遗臣的儿子和附近的村子里收集了人质，据说让他们居住的是海津城，或者海津城下。
天正10年（1582年）6月本能寺发生变化后，森长可决定放弃信浓并撤退，以海津城的人质为盾牌撤退到美浓，海津城也被无人遗弃。之后的海津城被侵入到空白地带信浓的上杉氏统治，1598年（庆长3年）上杉景胜转出会津后成为丰臣秀吉的藏入地，海津城的城主由田丸直昌担任。
海津城具有很强的甲州流筑城术特征，是武田氏筑城的代表性城堡之一。在千曲川的背后，三到两个曲轮包围着本曲轮，有甲州流筑城术的特征丸马出以及三日月堀。作为平城，骏河江尻城，作为平山城，信浓冈城与海津城（松代城）在构造上非常相似。
1600年（庆长5年）2月，以与田丸直昌4万石交换领地的形式，森忠政以13万7500石进入哥哥森长可所属的土地，同时丰臣家的9万石藏入地被废止。此时，海津城更名为“待城”。1603年（庆长8年）-森忠政被加增转封为美作一国（津山藩）18万6500石，松平忠辉以14万石（12万石？）入封。忠辉被加增，成为越后高田藩主75万石，但由于旧领也继续领有，所以家老花井吉成作为城代统治，致力于领地的整备。1616年（元和2年）松平忠辉改易。取而代之的是松平忠昌以12万石进入，在忠昌领主时代从待城改名为“松城”。1619年（元和5年）松平忠昌转封为越后高田25万9000石。酒井忠胜10万石入封。1622年（元和8年）酒井忠胜转封为出羽国庄内藩13万8千石。真田信之以13万石入城。之后，松城作为松代藩的藩厅，直到明治维新为止都是真田氏的居城。松代城成为松代藩的政治中心，但由于商人们不想从善光寺门前移动，所以松代城下没有成为商业中心。

户石城（流亡至霸道）/上田城（转变至太平）
户石城
筑城年代不明，最初是作为在邻接的真田乡兴起的真田氏的外城而筑城的（当时的状况不明）。根据《神使御头之日记》记载，天文10年（1541年）5月，海野氏一族在海野平之战中被甲斐的武田信虎、信浓陶俑科郡的村上义清、信浓诹访郡的诹访赖重等联军打败，海野栋纲·真田幸纲（幸隆）等人逃到了上野国。砥石城由村上义清作为小县郡佐久郡方向的据点进行了大改建（据说砥石城原本是南侧出城的名字，但不知道什么时候变成了整个城堡的称呼）。
砥石城位于村上的根据地陶科郡和上田平的分界线，被定位为盐田庄等小县郡的村上领和本领的结节点的最重要据点，分配了额岩寺光和山田国政等有力的诸将。
天文10年（1541年）6月，在甲斐国发生了武田信虎被嫡子晴信（信玄）驱逐的事件。信虎与信浓的诹访氏结盟，天文9年（1540年）在海野栋纲的请求下，上野的关东管领上杉宪政出兵佐久·小县郡，诹访赖重没有拒绝武田·村上两人，与上杉氏和睦，进行了领地的割让。晴信以此违反盟约，天文11年6月出兵诹访时消灭了赖重，压制了诹访郡。
之后，晴信与村上义清、信浓守护、小笠原氏敌对，出兵佐久、小县两郡。天文17年（1548年）2月在上田原之战中大败村上一方，同年7月在盐尻峠之战中驱逐小笠原氏后，压制了松本一带。
天文19年（1550年）8月，晴信进攻砥石城，再次败退给村上义清（户石崩坏）。关于此时的状况，在《胜山记》中记载着“这一年9月1日，为了排除信州磨刀石的险要，以横田备中守为首，众千人计战死的候。但是御大将是经常被吸引的周围候”。同年9月，成为武田家臣的真田幸纲（幸隆）被命令攻占砥石城，天文20年（1551年）5月陷落。根据《高白斋记》记载，幸纲的磨刀石城攻略是“乘取”，被认为是使用了调略。被赋予了包括砥石城在内的幸纲的领地真田乡的土地。天文22年（1553年）晴信命令修磨石城，幸纲与小山田虎满一起进行城堡建设。
村上义清在同年3月放弃了作为据点的葛尾城（长野县坂城町），依靠逃亡于越后国的长尾景虎（上杉谦信）。
攻占砥石城后，天文23年（1554年）8月武田氏让南信浓的伊那郡的国众服役后进攻北信浓，围绕北信浓的川中岛四郡，与越后的长尾景虎的川中岛的战斗展开。幸纲也活跃在川中岛之战和西上野之战中。
武田氏灭亡后的天正13年（1585年）8月2日、8月20日，由于围绕上野国沼田郡、吾妻郡的争斗，三河国的德川家康和武田家灭亡后自立的真田昌幸之间发生了上田合战。德川势力从甲府通过新府城（山梨县韮崎市中田町中条）前往上田城，昌幸与越后国的上杉景胜合作与德川势力战斗。另一方面，德川家康与相模国的北条氏直合作，真田领成为了两势力冲突的地点。在这场战斗中，除了磨刀石城之外，上野的岩柜城、沼田城等被用作上田城的支城。
在庆长5年（1600年）的关原之战中，对于沿着中山道向西前进的东军德川秀忠率领的军势，属于西军的真田昌幸在上田城迎击，秀忠命令属于东军的真田信幸（信之）进攻磨刀石城，9月5日让出了城堡。
上田城
1583年为引诱上杉军向南攻击真田氏，真田氏在此筑城。当时德川氏亦有协助筑城。不过不久真田和德川的同盟瓦解。亦改变了构造，城墙由北方改为东方对抗德川家。第一次上田城之战和第二次上田城之战都是在此为战场发生。
上田城是战国时代末期，信浓国小县的真田氏馆（真田本城）的真田昌幸是真田氏当家的1583年（天正11年）开始筑城的平城。1585年左右从真田氏馆等地正式转移了据点。天正11年、天正13年、天正18年经过几次过程筑城。包括上田在内的信浓国，在征伐甲州时消灭了统治的武田胜赖的织田信长因本能寺之变而横死后，举行了被称为天正壬午之乱的争夺战。在甲州征伐中幸存下来的真田昌幸，在不断改变臣服对象的基础上，跟着德川家康，围绕天正壬午之乱的战后处理而对立。1585年（天正13年）击退了在第一次上田合战中进攻的德川军。
之后成为天下人的丰臣秀吉去世后发生的关原之战（庆长5年）中跟随西军的真田昌幸，在联动的第二次上田合战中也很好地防止了东军别动队的德川秀忠军。由于西军在本战中败北，昌幸父子先后被分配到纪伊国的九度山，第二年1601年上田城被德川军破坏，护城河也被填埋了。
江户时代设置了上田藩的藩厅。昌幸的嫡子真田信之在关原之战中到达了东军，所以上田等真田领放心了，但是因为上田城被破坏了，所以以原本的居城上野国沼田城为本城，在上田城三的丸旧址上建造了宅邸进行了统治。最近，进行了城下町的整备。真田信之在元和7年（1621年）向江户幕府申请重建、扩建城堡，但被驳回，元和8年（1622年）9月被转封为信浓国松代。小诸藩将仙石氏移封到上田。仙石忠政申请重建被破坏的上田城，宽永3年（1626年）开始建造现在的上田城。虽然推测也利用了真田氏时代的地盘，但彻底破坏后作为近世郭重新筑城。

小诸城
天文23年（1554年）时竣工。据传当时城主由武田信丰（典厩信繁之子）担任，但历史学者认为并无明确史料支持此说法。武田胜赖时期由御一门众的下曾根净喜担任城代的职务，天正10年（1582年）3月，织田、德川联合军侵攻甲斐时，净喜把逃往小诸城的信豊的首级献给了织田信长，但净喜也被信长以对旧主不忠给诛杀了。
武田家灭亡后归属泷川一益，再由北条家统治，最后由德川家夺取。之后小田原征伐功劳而得5万石的大名仙石秀久在天正18年（1590年）时入城。秀久在关原之战参与东军，之后的元和8年（1622年）2代的仙石忠政转封至上田城为居城。
江戸时代小诸藩的藩厅设立，之后由松平氏、青山氏、酒井氏等封于此、元禄15年（1702年）在牧野康重之后不再移封，直到牧野氏10代牧野康济时迎来了明治时代。
统治者：武田信丰（第一政权中期至武田灭亡）——泷川一益（神流川合战）——北条氏（天正壬午之乱）——德川氏（第五政权）——仙石秀久（秀吉死后至大坂前夕）

木曾福岛城
战国时代，由木曾义康建造。平时，以上面的段城为馆，以山城为诘城。木曾义昌也作为居城。
本能寺之变爆发后，信浓国内也围绕着新的支配权而混乱（天正壬午之乱），义昌放弃北信浓的领地，以逃往美浓的森长可的生命为目标，但被察觉到企图的长可闯入木曾福岛城，反而被拘留了孩子岩松丸（后来的木曾义利）。由于岩松丸被挟持为人质，义昌只好委托远山友忠等不太看好长可的将领们不要插手森军，反而担负了帮助长可撤退的任务。
在战争之际，义昌通过德川家康缔结了盟约，得到了安阴、筑摩、木曾的安心，但家康和丰臣秀吉对立后，背叛了盟约，恭顺了秀吉，被家康视为投猿者。因此家康在天正12年（1584年）9月，派菅沼定利、保科正直、诹访赖忠等人进攻妻笼城的义昌，但被击退。在此之前的同年8月，小笠原贞庆调略祭品川又兵卫侵入木曾福岛，义昌逃到了兴禅寺。
之后，义昌与秀吉麾下的家康一起被移封到关东，城堡成为废城。

饭田城
室町时代（细川统治时期）
饭田城本来为山伏修行的场所，之后坂西氏因考量据点用地的关系，将居城由爱宕城移至此处，并建起饭田城。
武家政权时期
第一政权
天文23年（1554年），武田信玄入侵下伊那，饭田城和大岛城被列为该郡的据点。之后的30年间饭田城皆在武田氏的掌管下，且因有向南三河国进攻的计划，曾对饭田城进行整修的工程。
第三政权
元龟3年（1572年），信玄发动西上作战，当时担任城主之位的秋山虎繁奉命攻打织田氏的领地，并成功夺取岩村城，而饭田城则转交给坂西织部亮治理。
第四政权
天正10年（1582年）2月，织田信长发动甲州征伐，消灭掉武田氏后，伊那郡主由毛利秀赖担任，并委派下条氏长担任饭田城城主。但在同年6月发生本能寺之变，信长父子在此骚乱中阵亡，因此武田旧领成为德川氏、北条氏、上杉氏的三方角力之处，最终下伊那由德川氏管辖，城代则为菅沼定利受命担负。
第五政权
天正18年（1590年），因家康移封至关东，毛利秀赖再次入城后，扩建三之丸以及大手门，且整备城下町。
江户时代
庆长6年（1601年），信浓饭田藩成立，藩主由小笠原秀政接任，同18年（1613年），秀政改封至松本藩，饭田藩变为幕府直辖地。直到元和3年（1617年），饭田藩才转交给胁坂氏管治，宽文12年（1672年），城主改由堀氏出任，直至幕末为止。

饭田城历代城主

高远城
战国时代·武家政权时代
高远氏（细川统治时期）
高远城是诹访氏一门的高远赖继作为居城，与守护甲斐国的武田氏有同盟关系的诹访氏当家的赖重反目。赖继于1541年（天文10年）内应甲斐守护武田晴信（信玄），为诹访攻略做掩护。赖重被武田消灭，不过，围绕诹访的领有武田和赖继对立，1545年（天文14年）4月武田势进行高远城和藤泽赖亲的福与城进攻，作为伊那地方的进入据点。
武田氏时代（第一政权至第四政权）
1555年（弘治元年）武田氏接着击破小笠原氏和知久氏，压制木曾氏平定信浓。根据《甲阳军鉴》记载，高远城作为进军信浓的据点，于1547年（天文16年）命令足轻大将山本勘助和谱代家老秋山虎繁（信友）进行了大规模改建。1556年（弘治2年）秋山虎繁成为城主，坂西氏等为伊那众。
1562年（永禄5年），以晴信的庶子诹访氏的女儿为母亲的四郎胜赖（武田胜赖）继承了诹访氏，同时就任高远城主上伊那郡代（郡司）（《军鉴》）。作为城主的秋山成为饭田城代。据《军鉴》记载，在入城时进行了改建，胜赖众被寄存并加入了亲属们。胜赖在1570年（元龟元年）发生武田氏的正嫡义信被废嫡的义信事件后，站在后继的立场上，被信玄叫回了据点杜鹃崎馆，高远城主成为信玄亲弟武田信廉。另外，胜赖的嫡子信胜的诞生和信玄的父亲信虎的去世都是在高远城。
从信玄后期到胜赖期，武田氏与领国的织田、德川氏对立，高远城成为对织田、德川势力的重要军事据点。武田氏在长筱之战中败北，导致领国动摇，胜赖1581年（天正9年）为了维持领国，在府中迁移到新府城（山梨县韮崎市中田町中条）的同时，让异母弟弟仁科盛信（信盛）兼任高远城主。
第二年1582年（天正10年）2月，胜赖进攻了内通的木曾氏，盛信作为大将出阵，作为副将加入了信浓佐久郡内山城代的小山田昌成（第二代备中守）、大学助兄弟。同年2月织田信长开始了真正的武田进攻（甲州征伐），给予长子织田信忠3万大军，逼迫高远城。固守在高远城的守备兵人数为3000，盛信击退信忠的投降劝告进行抗战，但守备队玉碎，盛信、昌成、大学助兄弟等战死，城落城。由于高远城的落城，织田势从伊那方面进攻甲斐，武田氏灭亡了。
在高远城的西边，发掘了被认为是织田军作为攻城据点使用的“一夜之城”的遗迹。
第五政权时期
武田氏灭亡后，信浓伊那郡由织田家臣毛利长秀支配。织田氏统治伊那郡的实际情况不明，但确认毛利长秀位于坂西氏居城的下伊那郡饭田城（长野县饭田市）。高远城因征伐甲州而毁灭，织田氏时代的城主也不清楚，作为伊那郡支配的据点是否发挥了作用被怀疑。
同年6月本能寺发生变化后，围绕甲斐·信浓的武田遗领发生了天正壬午之乱。在上伊那郡，诹访氏一族，以上伊那郡福与城（长野县上伊那郡箕轮町）为据点的藤泽赖亲回归了。藤泽赖亲被保科正直进攻，在田中城与子赖广一起自杀。德川家康派遣下条赖安、小笠原贞庆等信浓国众，在同年7月15日之前夺回了高远城。
之后家康方的保科正直进入高远城，将其翻身为丰臣秀吉方的小笠原贞庆进攻，但被击退。
江户时代
到了江户时代，成为高远藩的藩厅，京极氏、保科氏、鸟居氏和城主交替。1691年（元禄4年）内藤清枚以3万3千石入封。之后，高远城作为内藤氏8代的居城迎来了明治维新。
城堡的地盘沿袭了中世纪的状态，但本丸上有两层辰己橹作为御殿和天守代用，主要的城门是拱梁形虎口形式的船门，是被高大的长墙包围的近世城郭。大门最初位于城的东侧，但在正保年间的“信州高远城之绘图”中转移到了西侧，城下町也同样被转移到了有彩车持神社等的城郭的西边。
根据元禄10年（1697年）的《高头城下町画图》，以本町、中町为轴心并行建造了新町，在北侧集中了神社和寺院，作为城下町的守护，使街道的各个地方弯曲，以防备入侵者。

德川家前期领地（注：兴国寺城为后北条氏领地）：

踯躅崎馆（太平以外）/甲府城（太平）
踯躅崎馆 兴建于永正十六年（1519年），为甲斐国守护武田信虎崛起之后所筑，历经信虎、信玄、胜赖三代共60余年，为武田势力向外扩张的根据地，盛极一时。1582年，武田氏被织田信长消灭后，甲斐被封赏给了河尻秀隆，但之后发生了本能寺之变，织田家内部大乱，德川家康派遣使者本多信俊要求秀隆返回美浓，但是河尻秀隆拒绝并杀死使者。当地的武田氏旧臣亦发起国人一揆，秀隆才意识到离开，最后在岩洼被三井弥一郎斩死。在秀隆死后，德川和北条争夺甲斐，最后由德川取得甲斐控制权。之后，1583年，德川家康命令家臣平岩亲吉另于他处兴建甲府城，实质废止了踯躅崎馆作为统治中心的功能，数年后踯躅崎馆便正式拆除。不过由踯躅崎馆所发展起来的城下町随着甲府城的建立而扩大并延续，逐渐发展出今日甲府市的规模。
统治者：武田氏（第四政权之前）——河じり秀隆——德川氏（第五政权）——丰臣秀胜——加藤光泰——浅野长政