二选一的选项是有，但基本上没什么左右为难的选择，不存在特殊装备和特殊装备二选一的情况，全是特殊装备和普通装备+一笔钱的选项。

没有，即使有二选一的奖励分支，给的也都是可以通过其余途径获取的。
不过，游戏里的确有限定款飞船（即同时只能有一艘，不能多造的飞船——其中有一些炸了可以再造，还有一些万一炸了就再也造不了了——开这类飞船作死前建议存档）。
此外，相对于限定奖励，更关键的应该是二选一甚至三选一的任务结局——一部分特殊任务的抉择会不可逆地影响宇宙格局（比如促使两个势力开战 or 合并），不过作为一个沙盒游戏，这些任务都不是强制任务，你愿意的话可以完全不去管也行。

有吧。地球人的Yaki任务，灭了Yaki就没了两种飞船。

有吧，乌鸦原型机。