2代伤害系统取消了护盾缓冲，取而代之的是耐久和穿透。游戏中的所有单位都有一个耐久属性（durability），各种伤害有穿透属性（pierce）。简单的结论是当攻击的穿透大于耐久时，对护盾和舰体造成全额伤害；当穿透小于耐久时，会按比例减伤：耐久剩余100点，减伤至1/2；耐久剩余200点，减伤至1/3，依次类推。具体公式为：
伤害=100/（100+max{(耐久-穿透)，0}）
护甲比较特殊，护甲很硬是因为首先护甲的减伤是无视穿透的，直接根据护甲强度减伤，然后护甲减伤是在耐久之后额外乘算。护甲强度如果是100，那么任何伤害对护甲的伤害都要再减半。
假设现在有一单位攻击主力舰，每次攻击100伤害，200穿透，主力舰500耐久，200护甲。那么对主力舰的护盾和舰体所造成的伤害就是1/4，即25伤害；护甲有额外减伤，每次的伤害是1/4* 1/3，即1/12的伤害。
一般来说，高穿透的攻击单次造成的伤害都比较高，频率低，追踪慢，不容易瞄准高机动性的单位，主要对付主力舰泰坦和建筑，典型代表是T反泰坦的高斯炮和食人魔鱼类，1000穿透，对任何单位都造成全额伤害，包括游戏中耐久最高的星基即1000耐久；低穿透的攻击则相反，瞄准灵活，开火频率高，适合对付轻巡和护卫舰，对付空军的PD点防炮是典型，0穿透全方位攻击，而一般战斗机的耐久是0。
V族的护甲科技最为突出，科技对护甲回复的加成非常高；航母的1技能可以补充护甲并大量提升护甲强度；克尔图的3技能可以直接削减敌人护甲强度。A族减伤和1代类似主要依赖护盾科技，单位技能则是圣像和先祖。T的减伤手段比较有限，T忠有安科隆泰坦，T反基本上只有科尔和杜诺夫抗线，其余炮灰往里填，不过T最大的特点是死得起