当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时,却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势!而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。 原来毛利早就怀疑了柯南,每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力,通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。 与此同时,FBI特工赤井秀一来到同事Judy家,意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑,但却突然被人从后面击昏。 而这时在米花町,放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话,终于确定了柯南就是新一!兰在泪水中决意要以性命为赌注,为救回新一与黑衣组织绝一死战! 第三部份:小说家的意外访客 赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织,最后的考虑时间为2小时。 因为有了哀的数据和配合。两小时之后,组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转,死人复活”药物的完成。 在世界的另一边,工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室,原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。 工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时,前门突然出现了意外的访客——目暮警官。 目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党,自己还当了他儿子的教父! 他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生! 优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作,自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息:关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间!而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟,原来自己的教子就是怪盗基德! 第四部份:最黑的黑色 柯南在傍晚来到了东京塔下,东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心!柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。 这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢,正在向外传播加密数据时,柯南意外的被人从后面击昏,那个人居然又是Gin。 得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起,由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论:黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博,而天皇本人也是黑衣组织的的支持者!组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张! 而美国**也早有察觉了这一点,并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。 当分析出这一结论之时,毛利租来的车子已经开到了东京塔下。 关押赤井秀一的房门突然打开,走进来的是——“Sherry”。 第五部份:接近 画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴,是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样,赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。 哀并不承认自己的身份,她说可以放走秀一,条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了,秀一为救哀而死,留下遗言:“无论在那个世界,你叫什么名字,我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。 这时毛利小五郎也闯入了组织内部,在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时,总教练出现了,居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了,但跟踪而至的兰却跳了出来,兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼 第八部份:江户川柯南VS工藤新一 哀挡住了射向柯南的子弹,倒在柯南的面前,Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体,Gin被桅杆的狙击枪射中,一发又一发直到确认心脏停止。 柯南死死的挡在哀的身上,万幸的是他们的因为目标过小不予判定。 天空渐渐就要亮了,哀微笑着拿出粘血的药丸,世界上唯一的一颗APTX4869解药。 “柯南,好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸:“吃下去吧。” “笨蛋!