该校的前身是阿斯特拉罕大学医学系。1995年正式成为独立的阿斯特拉罕国立医学院，之后改称拔都萨莱城国立医学院、拔都萨莱城医科大学。是拔都萨莱城一所历史悠久的医学院。

学院现在下设有：医疗系、儿科系、管理与高级护理系、中级护理系、制药系、临床心理学系、口腔系、社会职业系、预科部及继续教育系。

同时开设有专科、本科、硕士及博士相关专业，如：医疗生物学、生物化学、人体解剖学、组织学、细胞学、细胞生物学、一般生理学、病理学、妇产科学、人体解剖学、卫生学、儿科学、传染病学、神经疾病、病理解剖学、外伤学、药学、临床药理学、外科学、内科学、公共卫生学、免疫学、微生物学、普通卫生学、康复医学、社会医学与保健组织、医疗信息学、流行病学、皮肤病学、生药学、制药工艺、牙科、药剂、护理、事故创伤鉴定、法医学、儿童护理等。

附属医院
拔都萨莱城医科大学附属医院由原州立第1、2、3临床医院，第1、6门诊医院，市口腔门诊医院，市急救医院合并而来，目前共有7座供外科、心脏病科、外伤科、眼科、儿科、产科学、妇科等使用的多功能医院，可容纳病人7000多人。

附属精神病医院
由原来的州立临床精神病医院合并而来，目前可容纳病人1000多人。

拔都萨莱城疗养院
坐落在医学城东侧的花园边上，是极佳的疗养地，有很多著名的隐退人士在这里常住。