万历末年，明朝官僚体系严重瘫痪，官职空缺普遍不补。原本给事中和御史各有五十余员和百余员，但到了万历末年，六科只剩下四人，五科无领导，十三道只有五人，且需兼任数职，常巡按而不得代。六大部门的堂官仅剩四五人，都御史一职数年空缺，督、抚、监、司也长期无人填补。文武官员及教职人员数千人因吏部和兵部缺掌印官而无法获得任命，滞留京城，向执政官哀求。监狱中的囚犯因无理刑官而长期未决，家属在长安门哭诉。政务废弛，内阁仅剩方从哲一人，他请求增补阁员，但皇帝认为一人足矣，拒绝增设。方从哲坚卧四十余日，内阁空无一人，皇帝多次慰留，他才复出。皇帝厌恶言官骚扰，故意减少官员数量。辽左战事兴起时，依旧不补官员。叶向高上疏称，自阁臣至九卿，台省曹署皆空，南都九卿仅剩二人。孙玮身为户部尚书，兼任多职，包括戎政和兵部。都御史一职自温纯去后八年无人接替，临近外计时期才命玮以兵部尚书兼左都御史。御史孙居相更是一人兼摄七差，管理诸道印章。这些情况反映出当时官僚体系的废弛程度。