明朝继承元朝对西藏的统治，在西藏西部，中部和东部设管理机构，官员由中央认命，违法由中央处置。明朝在部分藏区增设卫所与指挥室。明朝还册封西藏宗教领袖法王和国师。西藏人民也在寺庙中供奉明朝皇帝，现故宫的明成祖画像就来自于布达拉宫。藏区僧官也往内地任职，现中国最精美的壁画寺庙北京法海寺就是藏僧主持修建。
然而一部分清粉为了单方面抬高清朝，认为西藏不属于明朝版图。试问如果不是明朝长期对西藏的管辖，建立了军事、经济和文化纽带，满清怎能顺利继承对西藏的统治?清粉的口头禅就是清军和尼泊尔打仗证明清朝实控西藏。其实这也正是清朝的弱点。因为明朝对西藏的主权是稳固的，无人能挑战明朝中央的权威，这种主权无可争议之处。相反清朝是与尼泊尔等国争夺西藏，统治不稳固，清朝用再多的兵，也只是争议领土。
人类的活动范围是逐步扩大的，近几百年世界各大国都在扩大自己的边疆，加深对国土的统治。清朝本应更好地管辖西藏，却由于清庭属于奴隶社会家族政治集团，制约了社会进步与发展，导致西藏逐渐被外国控制。所以表面上看清朝动用的军队很多，但是对西藏主权的完整性与排他性却远远不如明朝。西藏纳入明朝版图毫无他国争议，而清朝却有争议，这就是关键！