长期停运是指反渗透设备在正常运行后，因为某些原因而长期停止运行的情况，一般超过25天。这种情况下，反渗透设备的管理方法比较麻烦，主要有以下几个步骤：
停止进水和产水，关闭进水阀、产水阀和浓水阀，保持反渗透膜元件内充满水，防止膜元件干燥和微生物滋生。
用反渗透产品水配制好浓度为0.5-0.7%的甲醛溶液，调整pH在5-6之间，作为防腐剂。
启动清洗水泵，以45-58m3/h的流速对反渗透系统进行冲洗，将防腐剂充满反渗透膜元件和管路，防止膜元件受到氧化和生物污染。
将反渗透膜元件从压力容器中取出，用清水冲洗干净，放入塑料袋中，加入防腐剂，封口保存，防止膜元件受到外界影响。
将压力容器和管路用清水冲洗干净，加入防腐剂，封闭保存，防止压力容器和管路受到腐蚀和污染。