昭灵后和太上皇是在不同园寝受祭祀的，昭灵后并没有配食太上皇。
《后汉书.孝安帝纪》
十月，行幸长安。壬午，新丰上言凤皇集西界亭。丁亥，会三辅守、令、掾史于长安，作乐。闰月乙未，祠高庙，遂有事十一陵，历观上林、昆明池。遣使者祠太上皇于万年
《后汉书.肃宗孝章本纪》
八月癸酉，南巡狩。壬午，遣使者祠昭灵后于小黄园。
《后汉书.朱冯虞郑周传》
光武闻而奇之。二十年东巡，路过小黄，高帝母昭灵后园陵在焉

至于西汉，那是后来罢庙为了节省开支，才在一起祭祀的，包括刘邦的姐姐和哥哥都在一起

如果刘邦的妈不是妃妾或者是已经离婚改嫁的妻，那太上皇为何还有一个新的太上皇后？而且追尊昭灵后的时候说了昭灵夫人是太上皇妃了，不是太上皇后。
《汉书·高帝纪》
夏五月，太上皇后崩。秋七月癸卯，太上皇崩，葬万年。赦栎阳囚死罪以下。
《汉书·高后纪》
昭灵夫人，太上皇妃也；武哀侯、宣夫人，高皇帝兄姊也。号谥不称，其议尊号。

刘邦没有追封亲妈为皇后是碍于当时礼法限制，西汉没有追封帝母为皇后是习惯的。比如薄姬，钩弋夫人也没有被追封为皇后，而是被追封为孝文太后、孝昭太后，从子谥。

而且刘邦亲妈的昭灵后是吕后给的，不是刘邦自己追封的，而且没有“皇”字。昭灵后一开始只是昭灵夫人。
《汉书·高后纪》
丞相臣平等请尊昭灵夫人曰昭灵后，武哀侯曰武哀王，宣夫人曰昭哀后。

当然，就算刘邦生母不是小妾，是正妻，但是刘邦生母后面和刘太公离婚，改嫁他人的可能性更大，因为刘交就被称为过刘邦的同母少弟。

而且值得一提的是，汉初的礼制比较混乱，导致对太上皇的认识也很混乱，他的正妻按理来说称呼后、夫人、妃都是可以的，但肯定不是天子的皇后，区别是很大的。

唯一提到昭灵后是皇后的是三国志，但是这个语境很明显是整理了所有生母非正室但是被追尊的例子。既然认三国志里面刘邦妈的昭灵皇后，那也认可她是妾了呗。
而且陈寿那个时候离西汉初期比较远，不懂当时的礼法也是很正常的。
《三国志·吴书第四》
会大行皇帝崩，今皇思夫人神柩以到，又梓宫在道，园陵将成，安厝有期。臣辄与太常臣赖恭等议：礼记曰：‘立爱自亲始，教民孝也；立敬自长始，教民顺也。’不忘其亲，所由生也。春秋之义，母以子贵。【昔高皇帝追尊太上昭灵夫人为昭灵皇后，】孝和皇帝改葬其母梁贵人，尊号曰恭怀皇后，孝愍皇帝亦改葬其母王夫人，尊号曰灵怀皇后。今皇思夫人宜有尊号，以慰寒泉之思，辄与恭等案谥法，宜曰昭烈皇后。诗曰：‘谷则异室，死则同穴。’故昭烈皇后宜与大行皇帝合葬，臣请太尉告宗庙，布露天下，具礼仪别奏。”制曰可