司马芝,字子华,河内温县(今属河南)人。三国时期魏国大臣。
司马芝年少时为书生。后赴荆州避乱时遇到贼寇,仅司马芝守护在老母身旁。贼寇看其是孝子,认为杀之不义,遂免于被害。此后,家居十余年,躬耕垄亩,照顾老母。建安十三年(208年),司马芝投靠曹操,任菅县长。在任期间,执法严正,不畏强暴。地方豪强郡主簿刘节拥宾客千余家,都不服徭役。司马芝强迫刘节代替宾客远行。时人称许他“以郡主簿为兵”。历任广平令、大理正,甘陵、沛、阳平太守,皆均有功绩。
黄初年间(220年-226年),入为河南尹。明帝即位,赐爵关内侯。不久,曹洪乳母与临汾公主侍者共犯刑律,被押在狱中。卞太后派人说情,司马芝不应,还上书明帝,要求依法诛罚,明帝应允。后为大司农,主张“崇本抑末,务农重谷”,得到魏明帝曹叡的赞同。后卒于任上。