在明末官方的历史文献中并没有袁崇焕矫诏。记载假传圣旨的源头是明末黑袁小说《辽海忠丹录》，以及一本《东江客问》的文献。无独有偶，这两本书都是毛文龙的旧部所写。
历史文献记载得十分明确的一件事，崇祯为了让袁崇焕能够全权处置关外事务，赋予便宜行事的特权，阑外原不中制。袁崇焕有权就用果断杀伐。到底应该不应该杀毛文龙，历史界的争议是在这个环节。