GMP厂房建设之前应根据不同的洁净区域、不同温湿度要求来划分不同的净化送风和排风系统;另外，气流的流型应根据净化车间的不同洁净度等级来设置，气流组织应该顺畅，并且设置合适的换气次数,新风的设置要符合正压的需求以及车间人员的需要。工艺布局要满足生产的需要，一般设置洁净区、人员净化区、物流净化区和其他辅助用房。合理设置参光通道和消防通道。不同洁净度等级的生产车间之间应根据需要设置缓冲间、气闸室、传递窗、风淋室等。缓冲室一方面是为了防止污染物进入洁净区,另一方面还具有补偿压差的作用。缓冲室相对于洁净区为负压，相对室外环境为正压。缓冲室属于准洁净区域，缓冲室内也要进行适量的洁净送风，使其洁净度达到将要进入的洁净区的洁净度等级。因此可对缓冲室的设置作出以下结论:冲室体积必须大于6m3，如以面积计,选不小于3m2；缓冲室的级别应同于后面将进入的洁净区的洁净度级别,但不高过1000级；相差一级的洁净区之间完全无必要设缓冲室，开门进入的污染使室内含尘浓度的升高不超过120%,且时间不超过2min。

相差两级的洁净区之间应根据具体情况考虑是否设缓冲室。虽然开门进入带进的污染可使室内含尘浓度升高两倍以上，但恢复到120%以下只要3min左右时间，如认为这个自净时间是可以接受的，则不必设缓冲室,如果邻室有异种污染源，即使是同级也应在其间设缓冲室，但真要如此，恐怕不允许布置在一个平面上或一个区域里。气闸室是设置在洁净区出入口、阻隔室外或邻室污染气流和压差控制的小室叫气闸室。GMP厂房的地面一般采用PVC地板、环氧自流平地坪或是水磨石地板,比较平整、耐酸碱腐蚀;围护结构和吊顶一般采用彩钢板。施工注意平整,接口应密封好，无裂缝。门窗一般需要选用金属材料这种材料严密性好，也不易变形。外窗采用双层结构，空调机组的进风口需要安装止回阀并且应密封好。通水管道应耐腐蚀、易清洁和消毒，可以选用不锈钢、聚丙烯等材料的水管。