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实验小白最近在做crispr的质粒的构建,用的是Dongdong Zhao构建的pRed_Cas9_∆poxB300单质粒,但现在有个问题解决不了,就是N20的插入。我看别人的插入都是在gRNA启动子之后和gRNA之前有两个酶切位点,通过双酶切来插入,但我这个质粒只有一个BglⅠⅠ酶切位点,求大佬告知怎样插入N20为好。谢谢大佬#crispr##基因编辑#


IP属地:河北来自Android客户端1楼2024-03-10 00:58回复
    你的目标物种是啥啊。这个是gRNA和donor都已经在里面了,就是用来敲细菌里面poxb300的。看他们那篇图3,这不是通用载体吧。


    IP属地:美国2楼2024-03-10 07:38
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      在解决CRISPR质粒构建中N20插入的问题时,需要考虑质粒设计的细节和酶切位点的使用。以下是一些步骤和建议,以帮助你完成这个任务:
      分析质粒构建细节
      了解质粒图谱:首先,确保你完全了解Dongdong Zhao构建的pRed_Cas9_∆poxB300质粒的详细图谱和各个酶切位点的位置。
      单酶切位点的使用:由于你的质粒只有一个BglⅡ酶切位点,需要考虑如何利用这个单一酶切位点来插入N20序列。
      插入N20的策略
      方法一:双链寡核苷酸插入
      设计双链寡核苷酸(Oligos):设计两条互补的寡核苷酸,使它们在退火后形成一个双链结构,并在两端具有BglⅡ酶切位点的黏性末端。N20序列将包含在这对寡核苷酸的中间。
      酶切质粒和寡核苷酸:用BglⅡ酶切质粒,使其产生开放的黏性末端。然后,将设计好的双链寡核苷酸也用BglⅡ酶处理,以确保它们的末端可以与质粒末端互补配对。
      连接反应:将处理过的质粒和双链寡核苷酸混合,并使用DNA连接酶进行连接反应,使N20序列插入到质粒的BglⅡ位点。
      方法二:使用DNA聚合酶填补单链空隙
      线性化质粒:同样,用BglⅡ酶切质粒以线性化。
      退火并延伸寡核苷酸:设计一对寡核苷酸,使一条具有BglⅡ黏性末端并包含部分N20序列,另一条为完整N20序列。让它们退火并使用DNA聚合酶延伸,以填补空隙。
      连接并转化:将延伸后的产物与质粒连接并转化到细菌中进行扩增。
      实验步骤与验证
      准备并退火寡核苷酸:
      按照设计好的序列合成寡核苷酸,并退火形成双链。
      酶切和纯化质粒:
      用BglⅡ酶切质粒,进行琼脂糖凝胶电泳后纯化目的片段。
      连接反应:
      进行连接反应,将双链寡核苷酸插入到质粒中。
      转化:
      将连接产物转化到感受态细菌中,并筛选阳性克隆。
      验证插入:
      使用PCR和测序验证N20序列的正确插入。
      利用BglⅡ单酶切位点插入N20序列可以通过设计双链寡核苷酸或使用DNA聚合酶填补单链空隙的方法实现。关键在于精确的设计和实验步骤的执行,确保N20序列成功插入质粒,并通过PCR和测序验证构建的正确性。


      IP属地:湖北来自Android客户端4楼2024-06-15 16:20
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