生息演算要分成两个模式，一个是剧情模式，一个是挑战模式，两个模式主基地相互独立，但科技树保持一致（都不会因为删档删除，且一个升级另一个也保持同步）。剧情模式类似现在这期，挑战模式类似第一期，下面细说。
剧情模式首先保证主基地也不会因为删档而删除，其次玩法设计上要保证玩家可以自由选择生存建造而完全不受不推剧情的影响，敌袭质量只会随剧情推进而增加。因为剧情、材料获取、以及建筑设施都像现在这样具有阶段性，即一个区域只产出一种主要资源，木头这类一级材料只能第一个区域获取，石头等二级材料必须在第二个区域获取，同时这个区域需要通过剧情关隘控制的唯一路径点来开启。为了保证玩家可以自由选择生存建造而完全不受不推剧情的影响，在未打通下一个区域的剧情关隘节点前，无论多少波、多少天数的敌袭都只会刷符合当前阶段难度的地方兵种和BOSS，不会出现玩家为了不被滚雪球而强制被要求推剧情解锁下一区域的情况。对于BOX较差的博士而言完全可以只在一图砍100天木头，搭一个1级建筑构成的基地虐一图小怪组成的敌袭，让萌新也能有体验和参与感。
相应的，如果有能力打通了下一个区域的剧情关隘节点，则敌袭质量会逐步增加到下一区域的难度。比如一级墙不隐身，一图的敌袭不会刷远程怪；二图刷了远程怪可以破坏一级墙，但玩家可以通过在二图采石头造隐身墙；同理，三图可以出一个无视隐身的投石车，但三图可以开铁造不受影响的迷彩墙，诸如此类，即使以后新增四图黄金、无图钻石之类的也可以是这个逻辑。最后剧情完结之后，玩家还能尽情自由发挥建家来虐怪了。
挑战模式更类似第一期，主基地重开一把会重置，敌袭质量按天数增长，地图是网状随机的，主打一个肉鸽的随机和开荒的紧张刺激，主要面向box成熟爱挑战的老玩家。主基地的地图不再是360度全暴露的，可以加入不可破坏的天然地形以减少每次建家所花的成本。比如生命点的一面被石头等地形遮挡，玩家只需要构筑建筑保护3面即可；家不一定要在正中心，可以放在图的右面，红门放在图的左面，当然更可以通过地形的设计，红门放在东北东南也可以，更讲究策略，让玩家自行决策在哪一个方向优先构筑防御。基于此，主基地的地图最好还能随机化，比如在五张图中选择一张作为这一局主基地的地形，对于某一地形的图而言，生命点还可以随机出现在该图三个刷新点的任一一处来增加随机性。但无论如何都要围绕减少建家成本来展开，同时增添随机性和策略性。
在世界地图设计上，最好像一期一样是网状且随机的，而不是现在固定且阶段性的。伐木机可以用石头，但石头图在出生点三四步之内二十格的区域刷新2-4处（数字都是假设的），或者可以多出些以木头为主但有少量石头的图。除了这种方式，还可以类似现在这期通过商店超前购买下一阶段物资，在石头图用积累的赤金买铁来造挖机或升本。由于敌袭始终会来到一个瓶颈被我方随便虐的程度，但加之充满随机和挑战的设计和建家成本的减少，玩家无聊之后也会乐于新开一把来玩吧。