根据您提供的信息，超级机器人大战R的敌人等级计算似乎是根据我方机师前20名的平均值来计算的。然而，关于多人机的副机师是否算入这个计算的问题，需要具体游戏设定来进行确认。在某些游戏中，多人机的副机师可能会被计入到整体能力或经验值的计算中，因为它们通常也是队伍的一部分并且对游戏的进展有一定的影响。但在其他游戏中，可能只会考虑主要机师的等级和经验值而忽略副机师。因此，要准确回答这个问题，最好参考《超级机器人大战R》的游戏说明或者相关攻略网站上的详细信息来确定敌人的等级是如何计算的以及多人机的副机师是否有影响。如果您能找到相关的官方文档或其他可靠来源进行证实，那将更有助于解答您的问题。