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首先根据你的描述有作案动机的只有杨亮 杨亮妻子
但周琳失踪前对其父说过明天要上班但实际上是放假且放假前一天未去上班应该是请假且未对父说，此时能约出周琳并且能让其对父遮掩行踪的只有杨亮一人因为周琳与杨亮妻子并无交集也不能做到前两天约出周琳还不对其父交代，鉴于周琳杨亮关系不正当可能是周琳不想让父太过于了解杨亮不然随便一调查就能知道杨亮是有妇之夫引起父亲对自己人际关系的不满故未告知其父.
时间上周琳是在11.27日就已失踪但是直到11.31日才被告知失踪而且是嫌疑最大的杨亮来告知最后警察检查不在场证明显示杨亮无作案时间我认为如果杨亮如果告诉周琳要带周琳一起去旅游但在和同事结伴出发前杀害或拘禁了周琳藏周琳身于车后备箱带到邻市是有可能的，这样不仅周琳为何要请一天假加上明天的假期和杨亮旅游回归时间重合就能解释而且能利用一起旅游的同事给自己制造不在场证明，在其回家后据你描述你们要求杨亮询问周边亲友但他实际上只去了一家且30 31号他有两天未去上班结合前面他去旅游一来一往可以怀疑他又返回了邻市去消除自己的作案痕迹或是转移抛尸地点.
杨亮自己描述周琳可能是自杀或是被拐走但我认为可能性不是很大，因为带入周琳的角色：一个工作认真勤恳且有着一个年幼孩子需要养，并且就算水果摊因为杨亮丈人家倒闭依然找了一份工作可以推断周琳并无自杀倾向.
最后补充我的个人看法：关于杨亮在后来对你们说的要抚养你到大或者过年给你红包亦或是后来离婚但开始信玄学我认为这都是杨亮心虚的表现但这都不能当作证据

人物关系
杨亮 情侣 周琳
夫妻 杨亮前妻
人物整个的行径路线
周琳：5.27离开家，骑着自行车，并撒谎上班。之后无踪迹。
杨亮：5.27与同事旅游，28日晚回来。29.30日没上班，期间只去了大姑妈家，撒谎说要去其他亲戚家，没去。
杨亮前妻：5.27-31日路线未知。
目前周琳可能出现的状况：人自己走的，人被拐了，人被杀了。前面俩个因缺少信息暂不考虑，就当人被杀了，目前有作案动机是杨亮，杨亮前妻。不排除其他未知人，但暂不考虑。
1.警察对杨亮进行了排查，那么，杨亮具体5.27日几点出的家门，几点与同事相见，具体交通工具，去邻市的交通工具，到邻市的时间，有没有购买记录，到邻市住的哪里，在邻市期间是与同事一直在一起么？同事是否觉得杨亮有啥不正常。回本地后是大概几点，晚上是否有出门。29-30日整整俩天的具体行程。
2.周琳是骑着自行车走的，当时有没有什么目击证人，之后看到她，她背着包走的，那么出租屋是否有少衣物，大概是几天的衣物，家里的钱财状况，去往邻市的车站是否有她出行的记录。
3.杨亮前妻5.27-31日的所有行程。
只有知道这些才能往下查。因当时是95年，肯定很费时费力。
还有杨亮从周琳书里拿走的纸条写的是什么？

还有周琳平常是个什么样的人，是否有很好的同事或闺蜜，有没有可能从周琳同事嘴里问道：周六周日周琳打算去哪？当时请假时的心情。周父30号听杨亮说周琳失踪时，杨亮的神情，杨亮是30号和周父说去亲戚家找找的，那么去大姑家找的时候是几号？如是30号，那么杨亮29号整天去了哪里？还有当时警察在屋里搜查时，整个屋子里的东西应该都算证据，为啥杨亮能偷偷藏了内衣裤，这偷藏的内衣裤有没有什么问题？杨亮声称带着周琳去医院做过测试，周琳得过抑郁症，这事是否是真的？具体情况？

纸条可以推测为1500借条或者是前往邻市的车票，周琳带包撒谎离开，去了哪？杨亮去了邻市，怎么去？可是29号已经回到本市，为什么提前回来，这个值得推敲。
接上文开头，纸条若为前往邻市的车票，可以基本断定遇害时间为27-30，遇害地点为邻市提前回来为处理尸体
杀人动机为情感与债务纠葛吧