先进行系统反冲；再进行负压清洗；有必要的情况下进行机械清洗；再进行化学清洗；有条件的可以超声清洗；在线电场清洗是一种很好的方法，便价格昂贵；由于化 学清洗效果比较好，其余方法有些不容易实现，而各供应商提供的药剂虽名称及使用方法不尽相同，但其原理大致相同。
清洗步骤如下：
清洗单段系统：（1）配置清洗液；（2）低流量输入清洗液；（3）循环；（4）浸泡；（5）高流量水泵循环；（6）冲洗；（7）重启系统。