阿卡菲尔收集了所有神水晶并且借助阿普顿的吞噬细胞融合自身，一人之力启动飞船到宇宙中心寻找降临者讨个公道。因为飞船上有主角的同伴，所以主角以强殖细胞的变形强化能力与吞噬体.阿普顿合体，化身生物飞船追了上去。降临者有七大使徒，有各自的权能，都是神将之上境界的使徒级肉体进化者。在宇宙中各种环境制造生命，又毁灭生命。目的是探索肉体的究极进化方向，期望达到超越使徒，成就这方宇宙幻化万物的始祖级能力。阿卡菲尔在拉娜凯尼亚超星系网的正中心找到了使徒的基地。当面追问第三，第五，第七使徒为什么抛下自己，毁灭地球。使徒们对这追来的虫子十分不屑，认为自己随手创造的奴隶不配跑来质问自己。就要喷杀虫剂。阿卡菲尔伤透了心，愤怒之下与使徒们展开了史诗级大战。虽然一开始能力不如使徒，但是在融合了十二神将的灵魂和基因能力后，在愤怒的催化下临战突破使徒级。并且因为第七使徒的轻敌被杀，用阿普顿的融合能力吸收了使徒的权能，实力再次增长。之后越战越勇，连杀第五，第三使徒，并且吸收能力滚雪球。战力直逼高级使徒，并把宇宙基地砸了个稀巴烂。但是接到报警的第一，第二第四使徒从宇宙边缘火速赶回，和阿卡菲尔再次爆发战斗。面对三个使徒巅峰级，并且有宇宙最强天赋，信息级湮灭能力的第一使徒。阿卡菲尔力有不逮，且战且走。一路鬼哭神嚎，星系崩坏。最后被逼到绝境，身体湮灭一半的阿卡菲尔领悟到始祖级的进化路线其实是细胞的变形强化和基因适配性结合，并推向极致达成无敌肉身。终于再次突破，连杀第二，第三使徒。可惜突破时间太短，最后不敌第一使徒。在身体湮灭的最后一刻分裂出一个细胞，逃离现场。第一使徒通过阿卡菲尔的表现也猜到了突破的办法竟然是当年随手在地球上创造的虫子身上，于是追杀阿卡的残余体并要收回地球上的强殖单元。残余体遇到主角，油尽灯沽，于是告诉成就始祖的办法就是让强殖细胞和吞噬细胞结合催化出化形创造万物的能力。并告诉主角第一使徒马上要追来并且毁灭地球的危机。主角权衡伙伴安危和地球命运。最终选择先回地球集结男二和全世界力量躲藏或者对抗使徒。率先回到地球的主角纠结各路力量，并凭借阿卡残余体和地球盖亚意识的能力把地球改造成星际飞船逃到亚空间躲过使徒意识的搜索。但是使徒在地球附近空间搜索到的强殖细胞和吞噬细胞残片也能祝他突破始祖级。于是第一使徒迫不及待的回到基地融合细胞突破。在突破的过程中，他领悟到宇宙只不过是一个更高层面生物的细胞，所谓的星系网是细胞丝，要成就始祖级，需要通过细胞丝吸收整个宇宙的营养才能突破。于是宇宙大劫难开始了，无数触手凭空出现开始捕捉宇宙中各种物质输送给突破中的使徒。亚空间的地球也在劫难逃，女主等人被吸收而死。宇宙生死存亡的最后关头，各个星球的生命组成反抗军与使徒部队作战。主角，男二，阿普顿为了保全宇宙，决定牺牲自己，融合成为第二个始祖级。使徒被迫中断融合，与主角开展了宇宙级对决，半个宇宙被打烂。但是主角吸收的能量不够，逐渐打不过使徒。于是半个宇宙的生物自愿选出牺牲者给主角充能。最终在主角的灭世能量炮下，使徒灰飞烟灭。但是主角成就始祖，开始自动吞噬周围的能量要成长完全。为了保全宇宙，主角选择自爆停止突破。虽然主角肉身已死，但是残魂得以灵体的形式进入更高维度世界，找到新的成神道路。
完结撒花