有一定的可能性，药物在治疗幽门螺杆菌感染的过程中可能会引起一些副作用，例如抗生素类的药物可能会导致胃肠道不适、过敏等反应。但是，眼睛酸胀和结膜炎也有可能是其他原因引起的，例如长时间使用电脑、缺乏睡眠、环境污染等。如果您的症状持续存在或加重，建议尽快咨询医生并跟踪诊断和治疗方案。同时，遵循医生的指导正确用药，注意饮食和生活习惯的调整，有助于缓解眼部不适的症状。