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先从最开始说起吧，宇智波的血缘最早可以追溯到六道仙人的长子因陀罗，继承了仙人之眼的血继限界。得益于自身强大的基因遗传，宇智波在忍界千年的历史中闯下了赫赫凶名，这样的情况直到宇智波斑时期。
宇智波斑所处的时期，也就是忍界的战国时期，这个时候的忍者是以家族为纽带的，家族之间的战斗虽然纷争不断，但是总的来说战争的烈度还是没后来忍界大战那么大。宇智波在这一时期明显被千手一族压制，最强战力斑也被千手柱间压制。但是得益于斑和柱间的关系，两族最后决定冰释前嫌，共同创建木叶。后来一国一村的制度纷纷被其他各国效仿，标志着战国时期的结束。
很显然，作为村子的两大开创者之一的宇智波，明显是开业大股东，而且作为忍界最强的家族之一，宇智波在村子内享有比较高的话语权是很合理的事情。但是，宇智波斑的人气明显不如千手柱间，而且斑的性格也注定他不可能当一个合格的火影，斑也预料到柱间之后的火影会是扉间。因为扉间对宇智波抱有极大的意见，斑认定宇智波一族绝对会面临被排挤的现象（后期也确实如斑所料），在他看了被黑绝篡改过的六道仙人石碑后，心里已经有了想法，于是想要带领宇智波一族离开木叶。但是宇智波一族经历多年战争，早已经想要过安生日子了，于是没有选择跟随斑。斑后来带走了宇智波的团炎扇和不少东西，后来终结谷大战，斑暂时退场。可是这场战争也导致了柱间后面也没活多久。
斑的离开和柱间的去世，这就让原本稳定的局势被打破了，因为继位的扉间虽然实力不如柱间，但还是能稳压普通宇智波的，甚至连有万花筒的宇智波泉奈都死在了扉间手下。扉间对写轮眼的认识是比较深的，他认为宇智波极度不可控，存在暴走的风险，于是开始限制和打压宇智波，但是扉间这个人，政治手腕是很强的，他的实力和手腕能保证限制宇智波的同事并为己所用，甚至还收了宇智波镜作为自己的护卫。
如果扉间能一直在位，宇智波虽说是被限制的，但还是能发挥自己的作用并且为村子做贡献的，但可惜的是，扉间死的太早了，他临死前任命猿飞作火影，其实这非常不符合程序，但最后猿飞还是坐上了火影之位。
抛开那些对猿飞恶意满满的同人和各种阴谋论不说，猿飞的能力确实不高，因为他的实力明显不如前两代火影，而且也是他在位期间，千手一族逐渐销声匿迹，宇智波一族他也没能管控好，甚至连盟友涡之国也没救下。最严重的是他纵容和默许了团藏的所作所为。
猿飞的上台，提拔了他的队友作为木叶的高层，最关键的是，游戏规则已经变了，随着忍者学校的建立和医疗体系的完善，平民忍者开始越来越多，猿飞的政策就是拉拢平民忍者来敲打那些血迹忍者，宇智波自然首当其冲，但宇智波和木叶高层此时还没有到撕破脸的地步。真正导致宇智波与木叶决裂的人其实是团藏。
团藏这个人，自大狂妄而且极度偏执，他认为自己才是唯一能给忍者世界带来改革的人，他与山椒鱼半藏联手坑了当时的晓，导致了长门的黑化（这也为后来佩恩毁灭木叶埋下了伏笔），而且团藏这个人，他认为不可控的东西就必须除掉，而且猿飞也没能力完全压制宇智波一族，再加上九尾之乱后，团藏对宇智波的打压和猿飞的纵容，宇智波一族有不满的情绪也在所难免。
可问题就在于，宇智波本来就是原始大股东，现在被一群后来依附的小家族的人排挤，这让心高气傲的宇智波一组无法忍受，而且宇智波的诉求，木叶高层也全部否决，而且宇智波作为木叶的执法部门，本身就是武装团体，在诉求得不到满足的情况下，武装夺权是意料之中的事情。
但最后却是，宇智波内部的不团结，止水和鼬都心向村子，猿飞纵然想要和平对话，但是团藏却选择了最极端的手段，他夺走了止水的眼睛，逼迫鼬做出选择，最后再加上带土的加入。鼬也做出了自己的选择，宇智波一族自此灭族。
灭族始终是最下等的选择，你把对方逼到了绝路，最后只能是不死不休的局面，尤其是宇智波还剩下鼬和佐助两兄弟，鼬更是灭族的直接执行人，他知道了太多的秘密却选择留下佐助，高层迫于鼬的压力也只能认了，可是鼬和高层都有一个毛病，那就是他们小看了人性这种东西。佐助自灭族之夜后就已经成了复仇者，力量才是佐助的第一追求，村子的忠诚在佐助眼里根本不算什么。
宇智波的灭亡，其实对木叶的打击是十分巨大的，因为此时木叶已经失去了千手和宇智波这最强大的两个家族，虽然木叶获得了稳定，但是这种稳定是虚弱的，木叶的国力已经在长期的政治内耗中走向了衰落，到了后面五影会谈时，木叶已经失去了五大忍村之首的地位，被云隐远远的甩在了后面。
而且团藏之前那些所谓为了木叶而埋下的仇恨的种子，也已经成长，佩恩的复仇，佐助的复仇。这一切都是木叶高层的自作自受，他们用虚伪的手段造就了短暂的虚假和平，若不是鸣人，木叶灭亡都是活该。
总结起来，宇智波的灭亡更像是血迹大家族在面对平民忍者崛起和村子政治压迫下的无奈，在战国时期，忍族之间的对抗宇智波从没怕过谁，可是当村子凝聚起大量的家族后，这种一族对一村的力量的此消彼长再加上团藏这种野心家的推波助澜，才是宇智波一族走向灭亡的根源。

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