蕨类植物中容易与紫萁株混淆的是云朵藓（Dicranumscoparium）幼株。云朵藓和紫萁都有紫红色的芽鞘，而且两者都具有短柄的叶片。不同之处在于，紫萁株的叶片较坚硬，表面有微细的凸起，而云朵藓的叶片较软，表面没有凸起。此外，紫萁株具有紫色的晚霞菌根，而云朵藓没有这种菌根。