科学院的绩效问题主要有：研究成果被低估、科学家缺乏“激励”、科学知识和技术没有得到及时传承、科学家难以发挥自己的潜能和无法更充分得到开发。首先，科学家的研究水平往往被低估，实际上他们的研究成果是非常有价值的，但却始终被忽视。其次，科学家缺乏有助于他们激励的因素，他们对实现自身目标的渴望往往没有得到有效满足。另外，由于科学家不同的研究领域，他们的知识和技术不能及时传承，科学技术在落实上也没有实现最大效益。最后，科学家们也难以发挥自己的潜能，多大能力就无法充分得到发挥。