是的，本科生论文会校内查重。一般来说，学校会要求学生在提交论文前，先使用专业的查重工具对论文进行查重。如果发现有明显的相似度，将不予通过审核。因此，本科生在写作论文时要注意避免剽窃他人的思想和成果。