国旗护卫队有总指挥员、护旗员、副护旗员、前锋排长、后卫排长及鼓手等职位，其中总指挥员是负责整个护旗过程的领导者；护旗员和副护旗员主要负责行进中保护旗帜不受外力伤害；前锋排长和后卫排长分别负责前卫和后卫两排护旗员；鼓手负责准备棍棒和鼓，点击旗队行进的节奏。此外，还有护旗助理、医护人员、护旗员前锋队和后卫队指挥员等特种职位，他们主要负责旗队的训练、研究、组织等工作，为国旗保卫清洁共和国的生活秩序提供有力保障。