是的，发票勾选有时间限制。一般情况下，企业需要在申报税收前60天完成发票勾选，自然人应当在发票开具后6个月内完成发票勾选。发票勾选不仅支持企业及自然人的增值税实施，而且也是财政行政管理部门监管的重要手段。如果超出时间限制，不但没有实现发票勾选目的，还面临财政对其相关处罚措施。另外，发票勾选还是企业、自然人参与税收清算的有效方式，促使企业加强内部管理，增强税收自律。