常用的小麦根腐病药物有多菌灵、世林灵、奎林、匹立菌、百菌激、施全宁、泰恒锰等，在发病初期的时候以离子式双效杀菌剂为主，同时也可以采用生物型杀菌剂如多菌灵、世林灵等。该药物可以杀死病原体，并且可以在病原体多种适应性中形成一种抗性，从而防止病原体再次侵入。此外，可以通过增加土壤中养分，促进小麦植株的植物生长，减少小麦对根腐病的易感性，营造宜植麦苗的土壤条件，加强田间管理，使土壤保持适当的湿润度，并及时进行农耕，以阻断病原菌的传播，合理地选择抗根腐病的抗性品种，使用新型抗菌剂和有效微生物菌种，增强作物的抗菌能力，合理选择施肥，并适当进行植物保护技术操作，以减少病害的发生。