1. プロローグ　～目撃者～
2. 愉快な抽選会
3. 乗船のワケ
4. パシフィック・ブイ
5. 老若認証
6. 黒ずくめの組織のテーマ
7. リゾートレストラン
8. くじらクイズ
9. メガネのお守り
10. 月夜の決意
11. 覚悟～夜空の誓い～
12. 書き換え
13. いくつかの矛盾
14. 悲劇の銃弾
15. 絶望のディール
16. 再会　～私の居場所～
17. あの方の召喚
18. 罪の上塗り
19. 悪党の劣等感　～絶体絶命のピンチ～
20. 退避命令　～命運を握るのは…～
21. 悪魔の雷撃
22. パシフィック・ブイの戦い
23. ＳＥＥ　ＹＯＵ　ＡＧＡＩＮ　～また会えてよかった～
24. 運命のリワード
25. ビューティフルアイランド
26. 潜入
27. 共犯者
28. バックドア
29. 到着
30. ターゲット
31. 崖っぷちのカーチェイス
32. 悪夢
33. 迫りくるプレッシャー
34. キミに会いたくて
35. 無情な脅迫
36. 浮上
37. 救出作戦
38. 最後の手段
39. コーヒーカップ
40. 名探偵コナンメイン・テーマ（黒鉄の魚影ヴァージョン）【位置未知】
41. キミがいれば（黒鉄の魚影ヴァージョン）【位置未知】