预付账款余额的计算方法是：预付账款余额 = 总预付账款 - 已核销预付账款。其中，总预付账款是指企业所有未核销的预付账款的总和，已核销预付账款是指企业已经核销的预付账款的总和。预付账款是企业向供应商预先支付货款或服务费用，一般用于采购原材料、备货等。企业应该及时核销预付账款，确保账目的准确性。