一般来说,在局部相似性搜索上, BLOSUM 矩阵较PAM要好*当比较距离相近的蛋白时,应选择低的PAM或高的BLOSUM矩阵;当比较距离较远的蛋白时,应选择高的PAM或低的BLOSUM矩阵 *对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵*PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源,BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域

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